Кроме того, чудеса, по мнению Иоанна, являются залогом будущего освобождения православных народов из-под власти иноверцев по молитвам святых. Как бы от лица Варлаама Охридского он пишет: «Да познают, егоже возмнеша победити, яко победятся и побеждени суть... егоже возмнеша убити, се ныне жив есм и сих убити начинаю». Важнейшим признаком истинной церкви для Иоанна также является её соборный характер: «Тело церковное еже есть собор». Это утверждение – ответ, с одной стороны, на апологию папства в сочинениях П. Скарги, с другой – на заявление униатских епископов о невозможности мирянам («хлопам, шевцам и кожемякам») участвовать в решении церковных дел. Апология православного монашества содержится во многих произведениях Иоанна, наиболее развёрнутая – в сочинениях «Порада...», «Зачапка...», «Послание к старице Домникии...», «Позорище мысленное...». В условиях, когда из-за действий нечестивых православных епископов и нестойких в вере православных дворян «диавол-миродержец» особенно жестоко нападал на истинную церковь, главными её защитниками, по его мнению, стали иноки (автор имеет в виду, в первую очередь, отшельников), свободные от социальных связей, через которые дьявол подчинял себе людей, и имеющие единственную цель – духовную борьбу с «князем века сего». По мнению Иоанна, только благодаря молитвам святых и иноков Бог долготерпит множество человеческих прегрешений. В сочинении «Порада...» среди прочих он даёт такие наставления «правоверным»: «Иноческаго чина не поруговайте... Если бы не было истинных иноков и богоугодников межи вами, уж бы давно, якож Содома и Гомора, жупелом и огнем у Лядской земли есте опопелели... Если бы вас иноки пред Богом не заступали, уже бысте давно с всею потехою своею мирскою исчезли и погибли». В этом произведении защита монашества изложена в форме диалога между автором и «римлянином» (также называемым мирянином и дворянином). Дворянин обвиняет православных монахов в грубости, невежестве, пьянстве и т.д. Иоанн подробно разбирает все эти упрёки, проводя мысль о том, что православный монах неугоден миру, потому что он «любов и памят мира сего уморил» ради приобретения Царствия Небесного через победу над плотскими страстями и насылаемыми дьяволом искушениями. Подвиг инока настолько тяжёл, что на его пути случаются падения, за которыми всегда следует покаяние. Иоанн пишет о том, что православные иноки-отшельники подвергаются нападкам не только со стороны католиков, но и со стороны «наших руских философов», которые восхваляют католическое монашество. Отвечая на такого рода нападки, Иоанн описывает жизнь современных ему католических монахов (по-видимому, иезуитов): «Латынские мнихове дома, во отечествах с своими ся знаходят, яко с ними в общении человеческом пребывают, яко своих ползуют, яко учат, яко Костел свой боронят (защищают), яко в сварах веры посполитость заступают (выполняют общественное дело)... яко папину честь и славу гонят, а не Христову... Все себе угодницы и телолюбцы суть».