Писатель сопоставляет жизнь католических монахов, не ставящих себе задач духовной борьбы с дьяволом, но служащих достижению мирских целей – распространению влияния католической церкви, с подвигом внутреннего делания православных иноков. Это сравнение заставляет Иоанна воскликнуть: «За единого в горах и пещерах седящего руского инока тысячю домолежных и в полатах упокоевающихся миролюбцев, мясоедов, роскошных мнихов латынских не променил бым». Немного ранее он объясняет своё мнение тем, что «больше стосугубно пожиток (польза) Церкви, хвала Богу, заступление сродству и общему естеству, стране, роду и языку от оного избегшего инока из мира и в горах гнездящегося, нежели с ними общесвдворно пребывающего». Темы науки и образования в его произведениях тесно связаны с темой иночества и раскрываются им в полемике с П. Скаргой, упрекавшим православных за отсутствие науки и школ. П. Скарга утверждал, что греки сознательно не открывали училищ для славян, не желая их просвещения, с целью сохранить свою власть над ними. На это Иоанн отвечал, что греки преподали славянам высшую науку: «...Православную веру, таже спасителное Евангелие, апостольскую проповедь, мученические подвиги, постнические борьбы с поднебесными воздушными духи мыслно борющимся... и все оправдания, чем естество крещеное к Богу присвояется». По мнению православного полемиста, постижение этой истинной науки и «бессмертной правды» совершается путём иноческой аскезы: обнищанием во Христе, борьбой с искушениями, очищением души от страстей, иссушением плоти, непрестанной Иисусовой молитвой, отсечением своей воли и преданием себя на волю Божью, терпением бесчестья в миру. Идущий этим путём «обрящет прекраснейшую и светозарнейшую правду». Тот же, кто только «внешним учением правды тайнство постигнути и навыкнути хощет и усилуется, во антихристову прелесть и гордость, идеже латинский род заблудил, или во прочая ереси... впадет». Латинский Костел, который «оставивши и повергши тесную дорогу евангельской мудрости..., на широкий гостинец премудрости мира сего выскочил... за хитрость и мудрость воздушных духов и от стихий мира изобретенной философской поганской аристотелский и других, подобных ему, разум ухватився», по мнению православного писателя, не обладает важнейшим знанием – знанием правды о пути, который ведёт к спасению. В глазах Иоанна католическое богословие вследствие культа «поганских (языческих) наук» сближается с языческой философией, в то время как «сила Духа не в художестве внешняго наказания и философскаго постижения обретается, но верою смиренномудрия... даруется». Почти во всех произведениях Иоанна духовный разум, свойственный православию («свет присносущнаго разума, православной Церкви дарованный»), противопоставляется бесплодной внешней мудрости («тме поганских наук»), культивируемой латинской церковью.