Иоанн также очень огорчён и уклонением православной шляхты в другие вероисповедания: «Русине бывший, благочестивый христианин прежде и целомудрец Малое Русии... с ляхи живущий... разделився ныне на папежника, евангелика, нововыкрещенца и суботника». Он рассказывает, какие добродетели необходимы «властелину»-христианину: смирение, «меншост и последност», «милост, щедрост, добронравие и добродетел», благоговение, подразумевающее, в первую очередь, почитание монахов – носителей истинного благочестия. Особенно резко Иоанн критиковал высшее православное и униатское духовенство – «безбожных владык» и настоятелей монастырей, превративших монашеские обители в имения (фолварки), где они «з слуговинами и приателми ся... телесне и скотски переховывают (прячутся)... гроше збирают с тых доходов, на богомолци Христови наданных, девкам своим вено (приданое) готуют, сыны одевают, жоны украшают, слугы умножают... приателе обогачуют». Иоанн пишет о том, что вместо дел благочестия архиереи занимаются судебными тяжбами из-за имений, «над статутами и лжею увесь век свой упражняют». Из-за этого монастыри подвергаются запустению: «А в манастыре рек и потоков, непрестанно в молитве к небесному кругу текущих иноческого чина по закону церковному, видети несть, и вместо бдениа, песни, и молитвы, и торжества духовнаго пси выют, гласят и ликуют», монахи («сироты церковные») «алчут и жаждут», монастырские крестьяне страдают от нищеты. Главной причиной упадка благочестия среди духовенства, в первую очередь, среди епископов, Иоанн считал нарушение канонического порядка при поставлении в сан – хиротонии людей, не подготовленных к служению церкви, которые покупали церковное место (кафедру или приход) у королевской администрации. В «Писании к утекшим от православное веры епископом...» Иоанн восстаёт против того, что духовный сан принимают люди неблагочестивой жизни, не подготовленные, не имеющие духовного образования, что епископами становятся без предварительного монашеского подвига: «Не днес ли каштеляны, дворяны, жолнерми, войны, кръвопролийцами, прокураторми, курцияны (куртизаны), корчмарами, купцами, медведниками, а утро попами, а поутру бискупами, а поутру утрешнем арцбискупами починилися есте». Или ещё более резко – в «Послании к старице Домникии...»: «Днесь кат (истязатель) – а завтра священник, днесь мучитель – а завтра учитель, днесь корчмар и танцоводец – а заутра богослов и народоводец, днесь убийца – а заутра святитель и епископ». Иоанн ярко описывает подкуп королевских чиновников с целью получения духовного сана. Таким образом поставленные архиереи и священники, по мнению Иоанна, стремятся только к приобретению «именей, маетност, скарбов пеняжных», не собираются отстаивать интересы православной церкви, но желают жить лишь для удовлетворения своих низменных потребностей.