В несохранившемся сочинении в защиту унии, автором которого, как предполагают исследователи, был Ипатий Потей, содержалась критика действий патриарха Иеремии. Он осуждался за то, что он «хлопов простых, шевцов, седелников и кожемяков над епископов преложил и увес порядок церковный, от духовенства отнявши, свецким людем в моц дал». Выдержка из униатского сочинения приведена в «Писании к утекшим от православное веры епископом...», где Иоанн, соглашаясь с такой интерпретацией действий патриарха, горячо одобряет их: «Видите ли, яко патриарха слушне (надлежаще) и пристойне учинил, як на простых верных, светских людей, православных христиан Церков Христову вложил и строение в ней поручил», поскольку ко времени приезда патриарха на западнорусские земли церковь была обесчещена действиями архиереев – «пастырообразных волков». В уста патриарха Иоанн вкладывает следующее обращение к мирянам Западнорусской митрополии: «Спасайтеся, братия моя, сами, а пастырми спастися не можете... Спасайтеся верою; спасайтеся заповедми евангелским; спасайтеся законом отческим; спасайтеся чистым и целомудрым житием!». Существование церкви без иерархии Иоанн, по мнению исследователей, рассматривал только как вынужденное и временное состояние. Латинскому Костелу, подчинившемуся дьяволу, Иоанн противопоставляет истинную христианскую церковь, паству которой составляют «восточные веры правоверные и православные християне, то есть греки, Русь и другие вси языки». Своё понимание истинной церкви он излагает в полемике с П. Скаргой, утверждавшим, что признаками подлинной церкви, вне которой невозможно спасение, являются помимо прочего единство в вере, в управлении (папство), в богослужении на одном языке (латыни), а также распространение её юрисдикции на многие народы. По мнению Иоанна, эти черты, присущие католической церкви, напротив, свидетельствуют о её антихристианском характере (в первую очередь, власть папы над многими народами). Для истинной церкви, как считает Иоанн, характерно гонимое и униженное положение: «...Подобает Церкви Божией правдивой от диявольских слуг преследованной быти»; «подобает Церкви правдивой Христовой в последних часех века сего во умаление приходити от победы князя мирскаго и оторвани себе годных на службу свою множество много»; «подобает правдивой Церкви Христовой ненавидимой от мира и мирскому князю служачих быти»; «подобает Церкви Божией правдивой крест носити и нищету любити»; «подобает церкви Божией правдивой в мирскую премудрость глупой и нехитрой и во всем не искусной быти». Православный полемист показывает, что все эти признаки присущи православным церквам «восточной веры», паства которых в большинстве находится под властью иноверных народов и терпит от них притеснения.