При этом Иоанн во многих произведениях высказывает свою уверенность в стойкости православных в делах веры: «Не надейтеся, власт мирская, короле, и всякое преложенство (начальство), и всяк послушник папы Римского, як з вами ни в чом ся соглашати православные не хощут и папе поклонитися не изволят». Иоанн полагает, что Западная церковь отпала от Христа, подчинилась «диаволу-миродержцу» и в силу этого отделилась от православной церкви, когда папы начали стремиться к мирской власти более, чем к следованию заповедям Христовым. В сочинении «Зачапка...» Иоанн сравнивает отпадение католической церкви от православия с низвержением в ад возгордившегося сатаны. С того времени «Дух Святый от Костела латинскаго отступил... Иж ныне Костел и род латынский, по Павлу апостолу, не по справе Духа Святаго, но по премудрости власти воздушнаго князя тмы века сего живет, и справы живота своего разумные отправляет, и на том ся уфундовал есть». Папа Римский предстаёт в сочинениях Иоанна как «князь мирский», ищущий мирового господства, а не праведности, ждущий от своей паствы поклонения и не заботящийся о её спасении. Обращаясь к папе, полемист пишет: «Не духовное власти и началства (се же есть смирения, уничижения, поносов и безчестия, о благочестии бываемого, такожде правды, алчбы и жажбы блаженства) домагаешися и ищеши, но мирския власти, гордости, тщеславия, властолюбия, чести, величества, началства, господства языческого, да еси над всеми и славою, и силою превосходен, алчеши и жаждеши». Писатель обвиняет католиков в большем почитании папы, нежели Бога, часто использует выражение «папе идолопоклонитися». Неоднократно Иоанн критикует право пап вводить в учение католической церкви новые догматы. Отступление от истинной веры, изменчивость учения, преследование православных, властолюбие, погружённость в мирские дела, отсутствие иноческой аскезы, занятие «внешними науками» – всё это в глазах Иоанна свидетельствует об антихристианском (антихристовом) характере католической церкви. В его сочинениях папа неоднократно назван учеником и слугой дьявола, антихристовым главой и слугой, католики – «антихристовым племенем и наследием». Иоанн пишет о дьяволе как об источнике власти Римских пап. Из католической церкви, по его мнению, следует ожидать скорого пришествия антихриста (который будет воспитан в одной из иезуитских коллегий): «Присмотри ж ся, любимы прочитателю, для чего Костел латинский щасливый. Для того, бо юж запевно (истинно) антихристу породитися уготовил... И отступление от православной веры влезло, и чтилище боготворное (папа) на земли явилось и покору и науку Христову збурило (разорило). Знай же, правоверный христианине, что уже быти антихриста».