Затрагивая те черты учения (Filioque, чистилище и др.), богослужения, обрядов католической церкви, которые отличают её от православной церкви, Иоанн обычно не стремится к их анализу, но исходит из очевидного для него антихристианского характера «латинского Костела» и, следовательно, заведомой неправильности особенностей его учения и богослужения. «Диавол-миродержец», который, по мысли Иоанна, давно уже полностью подчинил себе «латинскую Церковь и латинский род», с успехом действовал в Речи Посполитой в отношении православных священнослужителей и шляхты, которые, вместо того чтобы защищать гонимую истинную веру Христову, отступили от неё ради «лихоимства пенежного и достатку мирского». Конечной точкой отступления, по мнению Иоанна, стало принятие большинством западнорусских архиереев Брестской унии. Исследователи отмечают, что для Иоанна не существовали отдельная от католичества униатская церковь или «униатская вера», переход в унию он воспринимал как присоединение к «латинству». Таким образом, критика унии у него полностью сливается с критикой католицизма. Единственный раз Иоанн специально пишет об унии в сочинении «Зачапка...», называя это явление «унею» и возводя термин к славянскому слову «юная»: «По словенскому языку называется юная, молодая; прето я вас, православных христиан, предостерегаю и навпоминаю, абы есте пилне и вседушне от тое молодое стерегли и не лакомилися на ню!». Еретичеством для Иоанна является не отступление от православия в другие конфессии (это для полемиста следствие «прелести еретической»), но поклонение вслед за католиками «князю века сего настоящего» – «духу тщеславному, жизнолюбию и лихоимству». Полемист гневно осуждает равнодушие православного дворянства и клириков к вопросам веры и благочестия, ставшее следствием погони за мирскими благами и властью. Иоанн призывает православных в делах веры не надеяться «на панов же ваших руского роду», поскольку «ныне межи ляхи князеве руские все поеретичели и христианства истинное веры отступили». Занятые заботами о приумножении имений, судами и тяжбами, охотой, но особенно чревоугодием, «русские» дворяне не могут быть верной опорой для гонимой церкви, поскольку для её защиты требовались большее благочестие и духовный подвиг, нежели в условиях благополучия и религиозного мира. По мнению Иоанна, «градодержатели и многоселци» на Страшном Суде дадут ответ за то, что они «талант добр, от Бога им данный, в своих похотех и сластех гноя телеснаго погребают, а о размножении же хвалы Божие ничто же дбают (заботятся)». Он осуждает православных дворян, ради «щастя» (житейского благополучия) перешедших в католичество, и приводит в пример судьбы князей Слуцких и Острожских, роды которых пресеклись после отказа некоторых представителей этих семей от православия.