О таких священнослужителях писал, что они «мирское мудрствуют и... славы... света сего ищут», не заботятся о своей пастве – «словесных овцах», но «волну овечую лупят, дерут, и молоко крвавого их поту пьют, и всегды ся з них насытити ищут, и оных паствою евангелское проповеды истинны... не пасут, и от глада словесныя овца Христовы поморили сут». Иоанн делал вывод, что такие пастыри «от диавола поставленные, не от Бога званные». Принятие большинством православных епископов унии и подчинение папе объясняет их желанием упрочить своё положение, увеличить доходы и избежать упрёков со стороны православных в пренебрежении интересами церкви. В «Пораде...» Иоанн как бы от лица епископов-униатов объясняет причины перехода под власть папы: «Вемы бо, коли мы толко веры своее отступимо, тот князь мирский, папа, наши скриниска (сундуки) наполнит, тот наше прагненя (жадность) ненасычоное утолит, тот наши похоти, безпрестани кипячие, установит... Тогда будемо волност мети по своей воли жити... Тепер в нас тая дурная Рус жития чистого ищет, тепер в нас цноты (добродетели), учтивости и доброго сумненя видети прагнет (желает), чего мы немаемо и для того всегды ся от них соромеемо (постыжаемся)». Он призывает очистить церковь от клириков-двоеженцев, прекратить практику покупки церковных мест. Монастыри, превращённые настоятелями или епископами в имения, должны вновь стать местом монашеского общежительного подвига. Правильное поставление священнослужителей, по мнению Иоанна, должно совершаться через избрание нескольких кандидатов, из которых ставленник будет определён жребием. В его сочинениях содержатся утверждения о том, что возможно временное существование православной церкви без священнослужителей, что православным мирянам «лепше... без владык и попов, от диавола поставленных, до церкви ходити и православие хранети, нежели с владыками и попами, не от Бога званными, у церкви быти, и с тое ся ругати, и православие попирати». «Не попы бо нас спасут, или владыки, или митрополиты, але веры нашее тайнство православное с хранением заповедей Божиих». В этих словах исследователи (Михаил Сергеевич Грушевский, Владимир Николаевич Перетц) видели влияние на Иоанна протестантизма, отрицавшего иерархию Римской церкви. Однако такая трактовка представляется исследователям неправильной, поскольку в сочинении «О еретикох...» Иоанн осуждает протестантов за отрицание ими иерархии: «Сии... законом и житием от свиний безсловесных ничим же разнствуют. Где бо в ных вера, где Церков, где священство, где Жертва?». Источник его антииерархических высказываний исследователи видят в интерпретации епископами-униатами результатов пребывания в Речи Посполитой в 1588 и 1589 гг. Константинопольского патриарха Иеремии II, принявшего ряд мер против православных епископов – нарушителей канонов и поддержавшего объединения православных мирян (братства) в их протестах против бесчинств архиереев.