Властолюбивому Риму Иоанн противопоставляет Иерусалим – «смиренный, кроткий, нищий, подобие Христово носящий и учение вмещающий». Представление об истинной церкви как о церкви гонимой заимствовано Иоанном из более ранних православных антикатолических сочинений, в частности, из созданного в острожском кружке анонимного «Послания до латын от их же книг» (1582 г.). Для опровержения заявления П. Скарги о том, что Бог будто бы посрамил «восточную веру», предав православных греков под власть иноверных турок («над греки турчин владеет, патриярхи патрияршество у турка купуют»), а также мнения униатов, что бедственное положение православного духовенства при турках делает Восточную церковь униженной и презираемой, Иоанн поместил в «Книжке...» повести о чудотворениях, совершавшихся среди православных народов под властью иноверных. В «Новине, или Вести, о обретении тела Варлаама, архиепископа Охридского града, в граде Велисе убитаго и в реку, зовомую Вардар, вверженнаго», по мнению исследователей, переписанной Иоанном из Жития Варлаама, сообщается о чудотворениях, происходивших в Охриде от мощей Варлаама, которого обезглавили турки в 1598 г. В «Писании к утекшим от православное веры епископом...» содержится Повесть о зографских мучениках, в которой рассказывается о разорении Афона католиками в 1280 г., сопровождавшемся чудесными свидетельствами Божьей помощи тем православным инокам, которые даже под страхом смерти не согласились принять католичество. Эти две повести были пересказаны Иоанном для того, чтобы показать благодатность православной церкви, в которой продолжают совершаться чудеса, в отличие от католической церкви, где после отпадения её от православия чудотворения отсутствуют («и мученики и чудотворства между папами погибли, и благодат духовная отлетела»). Обращаясь к П. Скарге, Иоанн упрекает католическую церковь в отсутствии у неё чудотворных мощей святых: «Не только с простых мирских людей, но и с твоего, рекомого духовного, лживо лицемерного езуицкого живота ни единаго не имееш, дабы который добровоние и запах красный и любимый от своего тела по смерти испустил и знак святости показал». Для того чтобы убедиться в благодатности православной церкви, Иоанн предлагает П. Скарге отправиться в Великую Россию и прочитать «истории житий оных святых мужей, чюдотворцов великих», имея в виду Великие Четьи-Минеи Макария. Центром благочестия назван также Киево-Печерский монастырь, где подвизались и подвизаются святые, «чюдотворством мало не равно великороссийским от Бога почтенные». По мнению Иоанна, чудотворения, которые совершаются от мощей святых среди живущих под властью турок греков, болгар и сербов, являются едва ли не единственным фактором, способствующим сохранению среди этих народов православия: «Коли бы не те чюдотворные тела в тепережнем веку и разслабленном остали, без мала не все бы турчилис. Ибо истинно, яко в Лядской земли папы Римскаго титулы, и вавилонская музыка, и поганских наук (пустословие) рускаго народа с благочестивой и православной веры в прелесть латынскую мало не всех выкрало, тако и овде – власть, безецность (нечестие), роскош тела, угодное житие безбожных и неверных турков миролюбную мысль до себе притягает».