Проявляла интерес к чудесному и философия. Так, немецкий философ и гуманист Иоганн Рейхлин (1455–1522 гг.) в работе «De verbo mirifico» писал, что чудотворной силой обладают слова Священного Писания в устах того, кто всем своим существом приблизился к Богу. Затем к религиозным обоснованиям чудесного присоединяются натурфилософские представления, открывающие чудесную взаимозависимость между движениями планет и человеческой судьбой, а также универсальное чудотворное вещество (или философский камень) и т.п. Эта мистика природы получила своё наиболее яркое выражение у теоретика эзотеризма Агриппы фон Неттесгейма (1486–1535 гг.) в его сочинении: «De occulta philosophia». Здесь собрано всё, что касается тайных наук и искусств Средневековья. В основании этой философии и магии лежит различие во всём мироздании трёх областей: мира духовного, небесного и элементарного. Духовный мир состоит из чистых духов, т.е. Бога и ангелов, небесный – из сфер неподвижных звёзд и семи планет (признаваемых одухотворенными); наконец, элементарный мир образует земля со всеми своими обитателями. Высшие миры влияют на низшие. Ангелы повинуются воле Бога и сами влияют на небесные тела, а земля непосредственно подчинена влиянию небесных светил. Носителем этого влияния высших духовных сил на элементарный мир земли является жизненный дух или quinta essentia. Всякого рода таинственные связи в событиях земной жизни основаны на общемировой гармонии и симпатии элементов. Всё великое имеет свои отзвуки в малом и ничтожном, которое поэтому может служить показателем мировых событий. Доступные человеку магические влияния обусловлены главным образом тем принципом, что «подобное производит подобное». Употребление в пищу животных порождает в людях свойства этих животных. Теоретик магии Генрих Корнелиус Агриппа (1486–1535 гг.) считал, что благодаря этому можно увеличивать свою смелость, питаясь сердцами петухов. Кто носит на своём теле летучую мышь, тот не может спать. Слова и заклинания имеют силу, поскольку они выражают природу вещей. Так как все влияния, в конце концов, духовного порядка, то при посредстве воображения и воли можно достигнуть высокой степени могущества. Но истинную власть над природой может получить только тот, кто возвышается к её первоисточнику, вполне освобождается от чувственности и достигает единения с Богом. При помощи этого единения можно творить всякие чудеса, исцелять больных и воскрешать мёртвых. Поэтому лишь благочестивые повелевают всеми элементами и могут быть названы властелинами мира. Являясь проповедником чудесного, Агриппа был, однако, ярым противником средневековых процессов над ведьмами и однажды сам победоносно защищал на суде заключённую в тюрьму женщину, всё преступление которой состояло в том, что она была признана дочерью ведьмы. Эту же борьбу успешно продолжал его последователь Иоганн Вир (1515–1588 гг.). Аналогичное воззрение на природу имел врач-философ Теофраст Парацельс (1493–1541 гг.), основывавший своё врачевание на познании внутренней сущности всей природы и человека. Вообще средневековый супранатурализм, утверждавший существование особого духовного мира, имеет свою опору, главным образом, в мировоззрении неоплатонизма, понимавшего всю действительность как эманацию (распространение, истечение) Бога. С этой точки зрения, эмпирический мир не представляет собой чего-нибудь самостоятельного, но лишь одну из ступеней Божественной природы. Между этим миром и Богом существуют промежуточные ступени или миры высших существ. Влияние этих высших существ на земную жизнь обнаруживается в человеческом опыте, как чудесное. Как в древней, так и в средневековой философии понятие «чудо» с большой лёгкостью вводилось в круг религиозно-философских воззрений, не встречая никаких противоречий ни со стороны гносеологических (познавательных), ни со стороны метафизических теорий того времени. Только в философии Нового времени, на почве всё более и более выясняющейся общей закономерности явлений природы, понятие «чудо» встречает решительный протест не только со стороны материалистических мировоззрений, но и таких философов, которые являются далеко не чуждыми религиозной точке зрения.