Но в этих чудесах есть элементы, присущие только повествованию Иоанна: христофания (явление Христа) Марии Магдалине (Ин. 20:14–18); сообщение Иисусом Святого Духа ученикам в вечер Пасхи (Ин. 20:21–22), и на следующее утро явление Христа семи ученикам (Ин. 21:1–23). На одном уровне рассказы о чудесах в четвёртом Евангелии схожи с рассказами синоптической традиции. Три из них имеют параллели в синоптической традиции, а из четырёх остальных два представляют собой исцеление (слепоты и хромоты), одно – чудо-«дар» (превращение воды в вино) и одно – воскрешение (Лазаря) – все три типа также находят параллели у авторов синоптических Евангелий. Однако изображение их у Иоанна заметно отличается. Во-первых, в то время как у синоптиков чудеса Иисуса обычно именуются «dynameis» («деяния силы»), Иоанн постоянно называет их «semeia» («знамения»), подчёркивая, что Иисус дал много знамений, но, как обычно признают учёные, из множества сам Иоанн выбрал лишь семь. Поскольку эти сообщения входят в первые двенадцать глав, Браун (Brown) назвал этот раздел Евангелия «Книгой знамений». Бердж (Burge) также отметил, что в большинстве из 27 контекстов четвёртого Евангелия слово «ergon» («деяние») относится к знамениям Иисуса, хотя эти «деяния» включают в себя не только знамения (Ин. 14:10; 17:4). В то время как у синоптиков «dynameis» тесно связаны с провозглашением Царства Божьего и явлением его в словах и деяниях Иисуса, у Иоанна «semeia» направлены преимущественно на пробуждение веры в Иисуса как в Христа, Сына Божьего (Ин. 20:30–31). Контексты знамений у Иоанна, в особенности входящая в них формула «Я есмь», показывают, что евангелист отнюдь не бездумно принимал традиционные лингвистические обороты (Деян. 2:22; Рим. 15:19). «Знамения» – это самая суть чудес у Иоанна, поскольку совершенно конкретно (можно сказать, реально) они выявляют глубочайшую, истинную суть Иисуса: Он – единородный Сын Божий, сошедший с небес на землю, чтобы явить Отца, и через вознесение на крест, Воскресение и возвращение к Отцу верующие принимают Святого Духа и вечную жизнь. Другими словами, знамения свидетельствуют о нынешней славе единственного посредника эсхатологического спасения, в то же время предвещая спасение, которое вкусят участники Его мессианского подвига (Ин. 7:37–30). Во-вторых, среди знамений Иоанна не упоминается экзорцизм, Иоанн вообще не говорит об изгнании бесов. Согласно четвёртому Евангелию, в «час» Иисуса дьявол, князь мира сего, совершает последнее и сильнейшее нападение на Иисуса (Ин. 13–62, 27; 14:30), но посредством вознесения на крест сатана изгоняется вон (Ин. 12:31–32). В-третьих, хотя четвёртое Евангелие и говорит о вере как о необходимой предпосылке для принятия чуда (Ин. 4:50; 11:40), упор делается на надежде, что само сообщение о чудесах пробудит веру (Ин. 20:30–31). Итак, в четвёртом Евангелии Иисус берёт на себя инициативу, давая знамения и даже множество знамений (Ин. 7:6–31; 11:47; 12:37; 20:30), каких никто больше не давал (Ин. 15:24). Четвёртое Евангелие не умаляет значения веры, основанной на присутствии при чудесах или рассказах о них, хотя такая вера всего лишь воздаёт должное Иисусу как Христу (согласно пониманию евангелиста), Сыну Божьему. С другой стороны, четвёртое Евангелие осуждает требование знамений как основания веры (Ин. 4:48; 6:30; 20:24–29). В рассказе о Рождестве у Матфея фигурируют пять явлений ангелов, появление рождественской звезды и девственное зачатие. Последнее чудо упоминается также у Луки наряду с тремя другими ангелофаниями (явлениями ангелов). Строго говоря, эти два ряда ангелофаний не обнаруживают параллелей, хотя оба Евангелия содержат сообщения об ангеле, возвестившем предстоящее рождение Иисуса (у Матфея – Иосифу, у Луки – Марии). Поскольку эти рассказы о Рождестве настолько несходны, исследователям трудно проследить историю их традиций. Предполагается как личное творчество авторов, так и самый разнообразный набор вероятных устных и письменных источников, но в этом вопросе учёные так и не пришли к консенсусу. В любом случае ясно одно: если предположить, что Матфей и Лука составляли повесть о Рождестве независимо друг от друга, то они оба опирались на более древнюю традицию, включавшую идею девственного зачатия и, вероятно, ангельскую весть о предстоящем рождении Иисуса.