В 1546 г., в год смерти Лютера, началась война между императором и Шмалькальденским союзом, закончившаяся поражением и пленом курфюрста Саксонского и ландграфа Гессенского. Это была победа иностранного государя, завоевание Германии иноземным войском. Хотя в начале войны Карл V и объявлял, что ведёт её только против политических мятежников, он задумал потребовать от Германии подчинения его воле и в религиозном вопросе. Таков был смысл «аугсбургского интерима» 1548 г. (см. Интерим). На севере интерим встретил отпор, особенно в Магдебурге; из протестантских князей его обнародовали лишь очень немногие, да и те не встретили повиновения со стороны подданных. У князей нашлись и союзники. Папа боялся усиления императорской власти, утверждения Карла V в Италии и его планов насчёт Собора. Франция также была в числе врагов Карла V: новый французский король Генрих II (1547–1559 гг.) продолжал политику своего отца. Изменивший шмалькальденцам Саксонский герцог Мориц был недоволен Карлом V за неисполнение обещаний и чувствовал себя крайне неловко, т.к. все называли его изменником. В чувстве негодования на императора нация была солидарна с князьями. К союзу немецких протестантов примкнула Франция, выделившая денежные субсидии за право занять (хотя и в ленной зависимости от империи) города, где говорили не по-немецки – Камбре, Мец, Туль и Верден (1551 г.). В 1552 г. князья обнародовали манифест, объявляя, что они берутся за оружие для освобождения Германии от скотского рабства. Быстрое движение Морица на Тироль, где находился не ожидавший нападения император, заставило его искать спасения в бегстве. Пассаусским соглашением (1552 г.) было постановлено, что имперские чины, держащиеся Аугсбургского исповедания, будут пользоваться свободой до восстановления религиозного единства Германии вселенским или национальным Собором, совещанием богословов или сеймом. Длительная борьба между протестантскими и католическими князьями в Германии завершилась аугсбургским религиозным миром 1555 г. (см. Аугсбургское исповедание). Он не только прекратил религиозную борьбу в Германии, но и санкционировал все главные приобретения князей за реформационный период. Наиболее существенными постановлениями этого мира исследователи называют следующие. Князья и вольные города, державшиеся Аугсбургского исповедания, ограждались от притеснения за веру, но цвинглианцы и кальвинисты (уже сильно распространившиеся в то время) исключались из этого правила. Далее провозглашался принцип «cujus region, ejus religio», в силу которого подданные должны были следовать вере своего правительства; в пользу протестантских подданных в духовных княжествах, впрочем, была сделана оговорка. Другой оговоркой (reservatio ecclesiastica) поставлялось, что если бы епископ задумал перейти в протестантизм, то ему нельзя было секуляризовать свой лен. Однако обе эти оговорки не были формально утверждены. Политические итоги немецкой Реформации исследователи сформулировали так: она содействовала начавшемуся гораздо раньше раздроблению Германии, разделив страну на два враждебных лагеря, лишь одну часть нации освободив от Рима, ослабив власть императора и, наоборот, усилив власть князей. Сокрушив рыцарей и крестьян и победив императора, князья встали в более или менее независимое положение по отношению к папе, подчинив себе местное духовенство, секуляризовали церковную собственность и стали господами в религиозных делах своих княжеств. Протестантизм продолжал усиливаться и распространяться в Германии и после Аугсбургского религиозного мира, но вместе с тем стала усиливаться и католическая реакция, преимущественно стараниями иезуитов. Успеху реакции, которая довела Германию до религиозной войны, много содействовало то, что происходило в самом немецком протестантском мире. История немецкого протестантизма второй полвины XVI в. сводится к деспотическому вмешательству князей в церковные дела, к утверждению в лютеранстве сухого формализма и к мелочным богословским спорам и религиозным раздорам. Рядом с княжеским произволом действовала теологическая нетерпимость.