Карл V потребовал от протестантов подчинения воле сейма, под страхом строгого наказания. Лютер склонял их к непротивлению, но другие находили, что угнетаемый имеет право обороны и что власть, данная от Бога, перестаёт быть законной, если она восстаёт против Бога или нарушает условия, на каких был избран её носитель. В связи с протестацией 1529 г. ставился уже, таким образом, вопрос о праве с оружием в руках отстаивать свободу совести. В 1530 г. Карл V после 9-летнего отсутствия приехал в Германию, назначив собрание имперского сейма в Аугсбурге. На этом сейме требование покорности встретило отказ, мотивированный тем, что в делах совести не имеет силы никакое императорское повеление. Вследствие желания императора иметь письменное изложение мнений членов сейма по религиозному вопросу была составлена «апология», главной целью которой было оправдать евангелическое учение от обвинения в ереси. Этот документ, получивший название Аугсбургского исповедания, был подписан всеми лютеранскими князьями и представителями двух имперских городов. В конце концов, Карл V предложил сейму отсрочить дело до весны следующего года с тем, что к назначенному сроку князья должны воссоединиться с католической церковью под страхом насильственного подавления ереси. Правда, при этом был обещан Вселенский собор, который и должен был окончательно решить все споры. Протестантские чины (в том числе лютеранские и цвинглианские города) протестовали против такого решения, а их ответом на угрозы императора и католиков было заключение ими в самом конце 1530 и начале 1531 гг. Шмалькальденского союза. Однако до междоусобия дело не дошло; в 1532 г. в Нюрнберге состоялось соглашение, в силу которого князья и города, уже принявшие аугсбургское (но не цвинглианское) исповедание, оставались при нём, но отказывались от защиты его последователей в других землях. Такое положение дел должно было продолжаться до решения религиозных споров Собором или, по крайней мере, имперским сеймом. Карл V опять был отвлечён от внутренних дел Германии своей сложной международной политикой. Реформация, ограждённая Нюрнбергским трактатом, могла спокойно утверждаться и даже распространяться на новые земли, хотя по смыслу соглашения 1532 г. должен был поддерживаться status quo ante. В 1534 г. Реформация была введена в Вюртемберге, куда возвратился изгнанный оттуда раньше герцог Ульрих. В 1538 г. главные католические князья во главе с королём Фердинандом заключили между собой союз в Нюрнберге. В 1539 г. Реформация сделала новые важные приобретения. Когда умер Саксонский герцог Георг, его преемник Генрих, поддерживаемый Шмалькальденским союзом, ввёл Реформацию и в альбертинской Саксонии при содействии светских сословий ландтага. Курфюрст Бранденбургский Иоахим II, уступая народному желанию, также ввёл у себя лютеранство, хотя и с некоторыми особенностями. В 1542 г. Шмалькальденский союз напал на герцога Брауншвейгского и заставил его бежать из его владений, в которых курфюрст Саксонский и Филипп Гессенский ввели протестантизм. Лютеранская пропаганда действовала успешно и в католических землях, приобретая много последователей. Всё это тревожило Карла V, занятого тогда войной с Францией и турками. Особенно сильно на него подействовало то, что один из духовных курфюрстов, архиепископ Кёльнский Герман фон Вид, также задумал ввести в своих владениях Реформацию. Три из семи курфюршеств (Саксония, Бранденбург и Пфальц) были уже протестантскими: присоединение к Реформации четвёртого курфюршества дало бы протестантам большинство в курфюршеской коллегии. Это грозило интересам Габсбургской династии, за которой Карл V стремился укрепить Германию. Он поспешил заключить мир с Франциском I (1544 г.) на весьма умеренных условиях, несмотря на военные успехи, и оба государя решили общими силами противиться дальнейшему распространению ереси. В 1545 г. при посредничестве Франции был заключён Карлом V мир с турками. Первым результатом нового мира было подавление кёльнской Реформации. В 1545 г. по настоянию Карла V папа Павел III (1534–1549 гг.) созвал Собор в Триденте, но протестанты отказались в нём участвовать.