Когда в 1667 г. в Константинополь отправился царский посол Афанасий Нестеров, государь поручил ему обратиться за достоверными сведениями о Паисии Лигариде к самому Иерусалимскому патриарху Нектарию, ведению которого подлежал Паисий как митрополит Газский. В Москве 29 июля 1668 г. была получена грамота патриарха Нектария о Паисии Лигариде, в которой он пишет государю, что Лигарид отлучён и проклят ещё патриархом Паисием, про что здесь всем ведомо и о чём ему было послано тогда письменное известие в Волошскую землю, где тогда находился Лигарид. «И буди тебе, великому государю ведомо, за что его отставил (патриарх Паисий): за то, что в своём слове не стоял, а письмо его рукою писано, кабала, по которой он не уплатил и ушёл в Мутьянскую землю». «После смерти кир Паисия, – пишет Нектарий, – бывали мы в его епархии (т.е. Газской), а он ко мне не бывал и со мною не видался, ни грамоты нам не послал, и не просит от нас прощения и благословения, а поехал он из Волошской земли, пришёл в Черкаскую землю и там писал грамоты ложные, с чем прийти к тебе, великому государю; а хто те грамоты ему в черкаских городех писал, тот ныне человек у нас, а у него он был архимандритом, имя ево Леонтий». Пошёл было Лигарид из своей епархии на шесть месяцев, а теперь отсутствует уже 14 лет; пошёл он для того, чтобы найти средства для уплаты долга, который лежит на христианах его епархии, «а он им ни грамотою, ни словом не приказал, как пошёл, и когда он забыл свою область, то ныне он не пастырь, ни архиерей, ни епископ – тому Бог свидетель!» Христиане его епархии крайне утеснены, и ему, патриарху, приходится платить по кабале, какую Паисий написал своей рукой. Те деньги, которые государь дал Паисию для уплаты долга епархиального и Иерусалимскому патриарху, он со своим племянником всё отослал на свою родину – Хиос. «Мы, – замечает патриарх, – хотели было отнять, но не отняли для того, чтоб не слыть нам сильниками и лихими, и посему-то мы всё стерпели, великий государь, чтобы не смутить церковных дел. Ныне, что тут он пребывает, а дела его ведомы стали. Даём подлинную ведомость, что он отнюдь не митрополит, ни архиерей, ни учитель, ни владыка, ни пастырь, потому что он столько лет отстал и по правилам св. отец есть он подлинно отставлен и всякого архиерейского чину лишён, только имянуетца Паисей. Да и бывшей патриарх Паисей отказал, и не подобает ему быть в нашей стороне и нигде. И называется он с православными православен; а он свидетельствуется ото многих своей руки грамот, которые здесь у нас есть; а латыни свидетельствуют и называют своим, и папа Римский емлет от него на всякой год по 200 ефимков.. . А что он имел милостыни для престола Святой Церкви, то он, лютый волк, послал к племянникам своим, а не к Церкви, и подобает то ему назад отдать, или верному человеку церковному у него взять и отослать. Всё сие мы писали не для похвалы, но для того, чтобы Бог на нас за сие не прогневался; пишем всё правду, чтобы наша вера не была осуждена и св. отец предание не нарушено было». В заключение грамоты Нектарий пишет: «А буде изволите, великий государь, о нас ведать, и мы от великих долгов бываем в великой печали. Я застал на святейшем престоле 14 000 ефимков долгу, а от великих смут армянских послать к твоему светлому лицу и приехать сам не смел. Воспомяни, как тебе Бог известит, а нам гречане, торговые люди, приезжая с Москвы, про твою царскую милость сказывают». В конце грамоты находится особая просьба патриарха к царю: с торговых гречан впредь пошлин брать государь бы не велел. Приведённая грамота патриарха Нектария должна была произвести сильное впечатление на московское правительство и окончательно уничтожить Паисия.