В феврале 1664 г. патриарх Нектарий подписал патриаршие свитки о царской и патриаршей власти, осуждающие Никона, а от 20 марта уже пишет государю по делу Никона особую специальную грамоту, в которой является сторонником и доброжелателем Никона, ищет возможности примирить его с царём и снова возвратить на оставленную им патриаршую кафедру: «Достопочтеннейшую грамоту священной десницы вашей мы приняли от иеродиакона Мелетия с благоговением и достодолжного почестью, а вместе и милостыню, которою вы почтили святый и живоприемный Гроб Господень. В сей грамоте мы не нашли причины удаления святейшего патриарха вашего кир Никона, сослужителя и брата о Христе нашего смирения, ни другой какой вины против него, кроме пятилетнего его отсутствия. От иеродиакона же Мелетия мы многое слышали, который, как говорит, слышал сие из уст вашего величества, показывая нам некоторое письмецо, данное ему вместо памятника, заклинающее его Богом, дабы он сказал все, что знает о кир Никоне и его противниках. Что касается до тех противников, то, по сказанию его, немногие и недостойные внимания приводят они причины против Никона; о Никоне же сказал некоторые важные дела, почти не извинительные, кои все суть нововведения, которые нам кажутся не очень достоверными». Сказав затем, что поскольку ни он сам лично не может прибыть в Москву, ни послать туда своего экзарха, как желал того царь, то они и решили с Константинопольским патриархом «некоторым иным образом поправить сие дело», т.е. послать известные свитки о царской и патриаршей власти, т.к. «объявить решительное мнение по тем словам, кои говорил Мелетий, было бы несправедливо, тем паче что и по церковным правилам, и по гражданским законам не дозволяется произнесть приговора над патриархом по свидетельству одного, и притом человека низшей степени». Затем Нектарий пишет царю: «Нам кажется, что вы мирным образом можете успокоить сие дело и снова однажды или дважды пригласить кир Никона, чтобы он возвратился на свой престол, показав ему статьи положения для точного соблюдения: и ежели он окажется сперва преступившим оные, а потом раскается и даст обещание соблюдать, то достоин прощения; ибо часто случалось весьма иного такового и ещё важнейшего в Церкви, и всё поправлено для мира и тишины. Итак, просим мы священное ваше величество, чтобы вы не приклоняли слуха своего к советам мужей завистливых, любящих мятежи и возмущения, а наипаче если таковые будут из духовного сана. Свидетельствуюсь Богом, что нас весьма огорчили случившиеся в Российской Церкви соблазны. Несогласие и возмущение в Церкви страшнее всякой войны, ибо раздирает нешвенную одежду Христову, которую не разделили и жестокосердые воины во время страдания Христова; раздрать же одежду Христову есть явный знак погибели душ, за которые Христос умер. Вы не ведаете, что в теперешнем положении, когда наша Церковь находится под игом рабства, мы уподобляемся кораблям, потопляемым беспрестанными бурями от разных притеснений языческих, и одну вашу Российскую Церковь видели, подобно второму Ноеву ковчегу, служащею спасением от всякого языческого потопа и сохраняющею в себе неистленными семена благочестия. Ныне же кто внушил вам отвращение от сего блага мира? Для чего так жестоко отметаете от себя первое достояние! Итак, миролюбивейший государь, последуй кротости Давида, восприими ревность по вере православной и постарайся со тщанием паки возвести законного патриарха вашего на престол его, дабы во время твоего священного царствия не было положено злого и гибельного начала сменять православных и правомыслящих о догматах веры патриархов ваших. Сие есть начало разрушения Церкви в Константинополе; оно послужило и доныне служит источником многих зол, и соделало нас посрамлёнными пред Западной Церковью. Опасайтесь и вы, чтобы необычайное у вас не обратилось в гибельную привычку. Ежели Никон говорит, что он не отрекался от престола, но от непокорных, то ясно, что он обличает непокорность народа. Итак, покажите к нему достодолжное повиновение, как к строителю благодати: повиновение, говорю, не необыкновенное в Церквах Божиих, но каковое предписывают Божественные законы. Отречение же его, которое он, как говорят, сделал от Церкви, может быть принято снисходительнее, для соблюдения тишины, тем более что он, кир Никон, как мы сказали, отрёкся от непокорного народа, а не от престола; но если бы он и письменно отрёкся от престола, то и сие извинительно, ибо часто и отречение бывает недействительно».