Личность его теперь многим стала ясна: это был лишённый сана архиерей, авантюрист, который явился в Москву с подложными грамотами и, выдавая себя за действительного Газского митрополита, выпрашивая у царя милостыню для своей бедствующей паствы, дерзко и нагло обманывал царя как относительно своей личности, так и употребления тех денег, которые он получал от царя на покрытие долгов своей мнимой епархии. Но и этого мало: являясь в Москве в роли строгого ревнителя православия, уставов и положений православной церкви, которые будто бы дерзко нарушил новатор Никон, Паисий в действительности был латынником – папежником признал Паисия открыто и официально его собственный Иерусалимский патриарх, папежником его признал и Константинопольский патриарх. Казалось, что для Лигарида оставалось только одно место – Соловки, но этого не случилось. Русское правительство не могло решиться открыто признать, что человек, от которого исходили все советы и указания по делу Никона, на которого смотрели в Москве как на образованнейшего и авторитетного представителя православного Востока, в мудрость и компетентность которого все верили, которого сам царь слушал, «как пророка Божия», – что этот человек был запрещённый архиерей, обманщик и латынник, ловко разыгравший перед доверчивыми русскими людьми роль судьи в их церковных делах, роль ревнителя чуждых для него интересов православия. Со своей стороны и Паисий, из-за патриарших на него обличений, постарался выставить их перед царём делом, внушённым патриарху многочисленными личными врагами Паисия, не хотевшими ему простить его участие в деле осуждения Никона. Как бы то ни было, но только грамота Нектария, по-видимому, нисколько не повредила Паисию во мнении и расположении царя, и даже принесла ему несомненную пользу. Алексей Михайлович, естественно видевший в осуждении Паисия как бы осуждение всего, что было сделано по его советам и указаниям в деле Никона, решился хлопотать перед Иерусалимским патриархом о восстановлении Паисия в его прежнем достоинстве Газского митрополита, тем более, что и другие обстоятельства требовали тогда от московского правительства особых сношений с Константинопольским и Иерусалимским патриархами, при которых удобно было попутно устроить и дело о Паисии Лигариде. Константинопольский и Иерусалимский патриархи решительно отказались и сами ехать в Москву, и послать туда своих экзархов для суда над Никоном, не сочувствуя этому, по их мнению, несправедливому и во всех отношениях печальному для церкви явлению. Иначе поступили Александрийский патриарх Паисий (1657–1665, 1668–1677/1678 гг.) и Антиохийский патриарх Макарий III (1647–1672 гг.). В желании получить богатую милостыню от русского правительства для своих бедствующих кафедр они лично отправились в Москву, куда и прибыли в конце 1666 г., так что в Москве мог, наконец, состояться окончательный суд над Никоном при личном участии двух восточных патриархов, чего так давно и с такими усилиями добивалось русское правительство, тем более что приехавшие в Москву патриархи заявили, что они явились сюда будто бы с согласия Константинопольского и Иерусалимского патриархов, почему они окончательно осудили Никона от лица всех четырёх восточных патриархов. Но в действительности патриархи Паисий и Макарий вовсе не имели согласия, а тем более каких-либо полномочий на поездку в Москву для суда над Никоном от Константинопольского и Иерусалимского патриархов, как это хорошо видно из их собственных писем из Москвы к Нектарию и Константинопольскому патриарху Парфению IV (1657–1662, 1665–1667, 1671, 1675–1676, 1684–1685 гг.), желавших оправдать их поездку в Москву и образ действий здесь.