Патриарший посол Савелий Дмитриев был задержан в Москве и содержался под строгим надзором, не имея возможности вступить с Никоном в непосредственные личные отношения. Впрочем, он нашёл возможность переписываться с Никоном и этим путём сообщать ему нужные сведения и указания: «Владыко мой! Аще позовут тя, прииди на Собор; приди, не сотвори инако и обесчестив наш Собор, того ради не ино добро. Тако мне есть приказано (разумеется – от патриарха Нектария) ответ дати; того ради повем: надеюся на Бога, яко не имут найти никакого порока, во всём свидетельство твоё премудро и благочестиво; и что какой порок хотят найти? Рекут, что оставил еси престол твой и отшёл еси, и то несть речь: занеже, когда архиерей оставит престол свой и отъидет в чужое место, то есть зло, добре знаете и святительство твоё. Ты же и сошёл еси с Москвы, не пошёл еси в чужой мир, но тако же в престоле своём еси, и не имут учинити о сём ни единаго же слова в Соборе. И о том молюся пресвятительству твоему: едино о сём часе не объяви, да не речеши, како ти послал блаженный (т.е. Иерусалимский патриарх) грамоту и задержали её в верху бояре, и объявится дело, что услышал еси от меня, и мне лихо сотворят. Едино приимеши, да приидеши велиим смирением, и буди, яко не знаешь ничего и небоязнен, занеже не имут тебе учинити ничто же». Савелий Дмитриев был задержан в Москве до прибытия восточных патриархов, которые и выхлопотали ему у царя освобождение. По этому поводу царь сам на Соборе говорил: «Сидел он,  авелий, за то, что он привёз от Еросалимскаго патриарха грамоту, и в той грамоте писано многое к ссоре». Примирительная попытка Нектария в деле Никона не могла иметь успеха не только потому, что она противоречила намерениям и желаниям московского правительства, но и потому, что и самая грамота Нектария пришла в Москву очень поздно, когда дело с Никоном зашло уже слишком далеко. Грамота Нектария была получена в Москве, вероятно, только в первых числах декабря 1664 г., а к этому времени русское правительство уже сделало новые важные шаги по делу Никона. В Москву 23 апреля 1664 г. прибыл Иконийский митрополит Афанасий, который заявил в Посольском приказе, что Иерусалимский патриарх Нектарий находится в Яссах и обещал приехать к государю, когда в заднепровских городах ратных людей не будет, но с каким делом он едет, о том митрополиту неизвестно. Через несколько дней после Иконийского Афанасия в Москву прибыл грек Исайя Евстафьев и заявил: когда он был в Рашкове, то приезжал из Ясс архидиакон Иерусалимского патриарха к дочери волошского владетеля, которая была за Тимофеем Хмельницким, и сказывал, что патриарху из-за войны проехать к Москве нельзя и от турского султана ему прислан указ, чтобы из Ясс никуда ему не ехать, и потому патриарх хотел ехать по монастырям в Мутьянскую землю. Но он, Исайя, писал к нему с архидиаконом, чтобы подождал в Яссах, как бы ему можно было приехать к царскому величеству. Получив эти вести, правительство уже было распорядилось, на случай приезда Нектария, принять его точно так же, как раньше принимали в Москве Иерусалимского патриарха Паисия (1645–1660 гг.). Но поскольку Нектарий не приезжал, то 12 июля 1664 г. в Молдавию были посланы два грека, Василий Иванов и Кондрат Дмитриев, с грамотой государя, в которой он писал патриарху: «В лете предворшем 1663-м преблаженство твоё нашими царскими письмены молихом, да в митрополию градов нашеа богохранимыя державы пречестное твоё архиерейство возлюбленною особою твоею путь сотворивши, и явившаяся зде недоуменная разрешиши; но по настоящий час святейшее и вожделенное нам твоё лицо, еже тощне ожидахом, видети не улучихом, не малое духа стужение ощутихом». Теперь же царь узнал, что Нектарий находится в Яссах, и потому он просит его «во славную державы нашея митрополию самоличне прибытии».