Характерно, что это гонение было направлено именно на личность самого подвижника, не касаясь остальной братии. Так, зная уважение великого князя Дмитрия Донского к Стефану Махрищскому, соседние землевладельцы братья Юрковские «мняху себе, яко (Стефан) имать владети (их) селом и нивами», почему и принуждали святого оставить свою обитель. Кроткие увещевания подвижника не помогли делу, и дерзкие люди устремились на святого, «дышущи убийством». Тогда Стефан, избрав себе преемника, должен был оставить свой монастырь, который после его ухода благополучно продолжал своё существование. По подобным же побуждениям Дмитрий Прилуцкий был изгнан авнежскими крестьянами. Изгнанные из своих обителей подвижники шли дальше – в глубь лесов и пустынь, пролагая пути дальнейшей колонизации. Постепенно углубляясь к северу, монастырская колонизация достигает северного поморья и столь же успешно содействует его заселению: Антоний Сийский основал свою обитель в Архангельских пределах, святые Зосима и Савватий основали монастырь на необитаемом Соловецком острове, Трифон Печенский создал обитель вблизи Кольского полуострова. Так благодаря трудам подвижников многие пустынные и болотистые места девственного севера превратились в «грады обительные». Многочисленные пустыни, построенные монахами-отшельниками в XIV–XV вв. на севере России, в Заволжье, позволили позже этот район именовать «Северной Фиваидой» (или «Русской Фиваидой на Севере»). Пустынь возникала в отдалённой, ненаселенной, часто лесной местности, но постепенно могла превращаться в более крупный монастырь, местность вокруг которого постепенно заселялась. При этом пустынь могла иметь земельные владения и крестьян, что нарушало принцип «отвержения мира» в поисках безмолвия и уединённой жизни, т.к. создавалась разветвлённая система связей (хозяйственных, судебных и пр.) с окружающим миром. Наименование «пустынь» сохраняет память о начальном периоде её существования. Так, основанный в 1403 (или 1413) г. Дионисием на реке Глушица монастырь Покрова Богородицы в жалованной грамоте 1448 г. назван одновременно и «монастырь», и «пустынка» (то же в грамотах, датированных около 1462–1470 гг.: «монастырь», «пустынька», «монастырёк»). В документах второй четверти XV в. упоминается гороховецкая пустынь св. Василия Великого, дочерняя по отношению к Евфимиеву Суздальскому Спасо-Преображенскому монастырю. Она имеет наименования «монастырь», «монастырёк», «пустыня», «пустынка». Во всех документах речь идёт о земельной собственности, о недвижимых владениях пустыни; упоминаются «деревни монастырские святого Василия», «воды монастырские святого Василия»; говорится, что пожалования могут быть даны одновременно «к великому Спасу в Суздаль... и к великому Василию в пустыню». Исследователи приводят аналогичные примеры из агиографии. Так, Павел Обнорский (1317–1425 гг.) известен как «пустынник», неоднократно удалявшийся из монастыря в поисках уединённых мест, безмолвия, живший в «отходной келье» или в дупле липы. Но он же основал общежительный монастырь, устав которого в его житии приведён дважды – в разделе об основании монастыря и при описании кончины основателя как его завещание братии. То же характерно и для Корнилия Комельского (1455–1537 гг.). Постриженик Кирилло-Белозерского монастыря (около 1477 г.), он выходил из монастыря, возвращался, затем отправился в странничество, посетил разные монастыри; неоднократно удалялся «безмолвствовать в пустыне». Первая его пустынь была близ Новгорода, вторая – за Тверью, «близ Савватиевы пустыни». Созданный им монастырь был общежительным, сохранился его устав. Как писал В.О. Ключевский, «помыслы о пустынном безмолвии завершались основанием монашеской земледельческой общины, при этом пожалование «монастырю строить на пустом месте, в диком лесу, братью собирать и пашню пахать» означало, что бесформенное объединение превращалось в учреждение, становилось юридическим лицом». Точная дата перехода обители к общежительству неизвестна. В «Житии» Сергия Радонежского, составленном Пахомием Сербом (события этого времени в более раннем «Житии», написанном Епифанием Премудрым, не отражены), сказано, что переход был совершён по указанию и благословению Константинопольского патриарха Филофея Коккина (1353–1354, 1364–1370 гг.), грамоту которого принесли в монастырь «греки».