В последний момент из списка приговорённых к смерти был исключён Михаил Роханов, вероятно, из-за «пролетарского» происхождения. Его заменил, видимо, по личной инициативе Л.Д. Троцкого протоиерей Александр Заозерский, «как обнаруживший в своей деятельности, так и на самом суде наибольшую из всех сознательность и непримиримость по отношению к Советской власти». 14 мая комиссия представила в Политбюро своё заключение. Вынесенный Московским трибуналом приговор к высшей мере наказания был признан «справедливым по отношению ко всем 11-ти [осуждённым]». В отношении пятерых из них, согласно заключению комиссии, не оказалось «данных, могущих повлиять в сторону смягчения приговора», а по отношению к оставшимся шести осуждённым комиссия считала возможным «пойти максимально навстречу ходатайству прогрессивного духовенства». 18 мая Политбюро утвердило список имён пяти осуждённых на смерть по Московскому делу. Однако Президиум ВЦИК во главе с Михаилом Ивановичем Калининым некоторое время медлил с официальным утверждением приговора Московского трибунала. В связи с этим 26 мая Политбюро приняло постановление: «Указать тт. Калинину и Енукидзе на недопустимость волокиты, проявленной ими в проведении в жизнь решения Политбюро от 18.V. с. г. ...и предложить им выполнить его в течение сегодняшнего дня». В тот же день священномученики Александр Заозерский, Христофор Надеждин, Василий Соколов, преподобномученик Макарий (Телегин) и мученик Сергий Тихомиров были расстреляны. В отношении протоиереев Александра Добролюбова, Василия Вишнякова, Анатолия Орлова, Сергия Фрязинова, мирян М. Роханова и В. Брусиловой смертный приговор, вынесенный Московским трибуналом, постановлением Президиума ВЦИК был заменён на пять лет тюремного заключения. После первого показательного суда над священниками и мирянами в Москве распространились слухи о том, что «в будущем предполагается процесс «князей Церкви» – епископов Никандра и Илариона, членов Высшего Церковного Управления и наиболее видных представителей московского духовенства». Однако епископ Иларион (Троицкий), арестованный 22 марта 1922 г. в числе первых по делу о противодействии декрету об изъятии церковных ценностей, был выслан административным порядком в Архангельск решением Коллегии ГПУ от 23 июня того же года. Ещё раньше решением Коллегии ГПУ от 25 апреля был выслан в Архангельск арестованный по тому же делу митрополит Серафим (Чичагов). Последний из арестованных московских архиереев архиепископ Никандр (Феноменов) был привлечён в качестве обвиняемого к следственному делу патриарха Тихона (Беллавина). Подготовка процесса над патриархом и его окружением задерживалась, т.к. занятые в антицерковных мероприятиях следственные органы, а также курировавшее их деятельность руководство РКП(б) в это время основное внимание уделяли подготовке и проведению Петроградского процесса, который завершился казнью 13 августа 1922 г. Петроградского митрополита Вениамина (Казанского), архимандрита Сергия (Шеина), мучеников Юрия Новицкого и Иоанна Ковшарова. Также задерживались следственные мероприятия по делу большой группы духовенства и мирян Москвы, привлечённых к суду за противодействие изъятию церковных ценностей в марте-апреле 1922 г., но не попавших в число обвиняемых на первом Московском процессе.