Подготовка второго Московского процесса заняла продолжительное время. Допросы обвиняемых были начаты ГПУ в августе 1922 г., а обвинительное заключение составлено в октябре-ноябре того же года и тогда же передано в губернский Московский революционный трибунал. К началу судебных заседаний большинство арестованных были уже выпущены на свободу. В тюрьмах находились только 38 человек, проходивших по делу, остальные обвиняемые были освобождены под подписку о невыезде. Впрочем, были и противоположные случаи. Так, протоирей Александр Александрович Хотовицкий, оправданный 3 мая 1922 г. народным судом, по решению ГПУ был оставлен в тюрьме как «тайный агент высших иерархов». Всего ко второму Московскому процессу в качестве обвиняемых были привлечены 118 человек, в том числе 32 представителя духовенства и 86 мирян. По количеству подсудимых второй Московский процесс стал самым массовым среди всех судебных процессов в ходе кампании по изъятию церковных ценностей (для сравнения: ко второму по числу обвиняемых среди церковных процессов 1922 г. (Петроградскому) были привлечены 86 человек). Тем не менее, Политбюро ЦК РКП(б) и руководство ГПУ не проявляли ко второму Московскому процессу большого интереса, поскольку «первоначальные материалы для привлечения к суду патриарха Тихона» были получены уже на первом Московском процессе, а новые дела «епископов, попов и мирян, уличённых в активной “тихоновщине”», предполагалось теперь рассматривать во внесудебном порядке. 27 ноября 1922 г. в здании Политехнического музея начались открытые заседания Московского революционного трибунала в составе председателя М.М. Бека и членов трибунала Орехова и Жильцова по второму «процессу церковников». В числе обвиняемых были клирики храмов московского Новодевичьего монастыря, храма Христа Спасителя, Спасопесковского храма на Арбате, церкви Иоанна Воина на Божедомке, духовенство и прихожане храмов Москвы и Подмосковья, преподаватели Петровского сельскохозяйственного института, служащие фабрики Гознак, участвовавшие в тиражировании патриаршего воззвания, рабочие завода «Богатырь», защищавшие Преображенский храм в селе Богородском. В качестве обвинителей на процессе выступали Н.В. Крыленко и Андрей Януарьевич Вышинский. На допросах во время суда обвиняемые признавали, что участвовали в приходских собраниях, обсуждали изъятие церковных ценностей и воззвание патриарха, но не находили в своих действиях каких-то нарушений советских законов. Как сказал на допросе протоиерей Александр Александрович Хотовицкий: «Я полагаю, что нет контрреволюционности в том, чтобы просить о замене церковных ценностей соответствующими металлами». Протоиерей Михаил Васильевич Славский, обвинённый в произнесении «контрреволюционной проповеди», сказал: «Проповедь не была контрреволюционного характера, и политических вопросов я не касался. Под сказанными мною словами «врата адовы» я подразумевал мировое зло, то есть зло, появляющееся в человеке, но нисколько не касался Советской власти». Среди обвиняемых мирян было много случайных людей, схваченных при разгоне собравшихся у храма во время изъятия ценностей. В ходе процесса по требованию А.Я. Вышинского некоторые обвиняемые, ранее освобождённые под подписку о невыезде, были вновь взяты под стражу. 6 декабря А.Я. Вышинский в обвинительной речи просил применить высшую меру наказания в отношении