Травмы получили и два молодых прихожанина, звонившие в набат и сброшенные красноармейцами с колокольни. После прибытия кавалерийского отряда народ был рассеян. Столкновения верующих с войсками также произошли возле Знаменского храма в Сокольниках и около Преображенской церкви у завода «Богатырь» в селе Богородском (ныне в черте Москвы). 8 апреля в городе прошли новые массовые аресты духовенства. Среди арестованных были казначей церковного комитета помощи голодающим при патриархе Тихоне протоиерей Борис Иванович Забавин, бывший ректор Московской духовной академии профессор протоиерей Анатолий Петрович Орлов, московские благочинные протоиереи Александр Фёдорович Добролюбов и Александр Николаевич Заозерский, протоирей Василий Александрович Соколов. Общее число привлечённых ГПУ к следствию по обвинению в противодействии изъятию церковных ценностей в Москве приближалось к 200, бо́льшую часть составляли студенты и преподаватели, служащие различных учреждений, рабочие московских заводов и фабрик, торговцы и безработные. Однако главное внимание следствие уделяло арестованным священникам. Во внутренних документах советских органов расследование обычно называли «Дело московских попов». Высшие партийные власти требовали организации немедленного показательного судебного процесса над «церковниками», однако проведение в кратчайшие сроки суда над таким большим количеством обвиняемых, видимо, сочли невозможным. 9 апреля сотрудник Московского губернского отдела ГПУ М.М. Шмелёв составил список из 54 человек (19 священнослужителей и 35 мирян), которые должны были проходить по первому этапу процесса. Уже 12 апреля им был предъявлен обвинительный акт, после чего следственное дело было передано в Московский губернский революционный трибунал. Следствие интересовали, прежде всего, факты распространения воззвания патриарха Тихона (Беллавина) среди благочинных Московской епархии, организации приходских собраний и составления протестов, направляемых во ВЦИК, а также сопротивления работе комиссий по изъятию церковных ценностей. Спешка при подготовке процесса привела к тому, что количество обвиняемых менялось. В преамбуле приговора Московского трибунала был отмечен 51 человек, а приговор был вынесен в отношении 50 человекам. Тем не менее, по первоначальному числу обвиняемых первый Московский процесс в периодической печати обычно называли «Процессом 54-х». Во время следствия обвиняемые находились в различных тюрьмах Москвы. В трибунал поступали многочисленные ходатайства об освобождении арестованных, тем более что многие московские приходы оказались без священников накануне Пасхи (16 апреля 1922 г.). Однако единственным освобождённым стал профессор Евгений Николаевич Ефимов, выпущенный из тюрьмы 19 апреля под поручительство ректора и членов правления Института народного хозяйства. 21–25 апреля 1922 г. в Иваново-Вознесенске прошли судебные заседания Выездной сессии Верховного революционного трибунала ВЦИК по делу о сопротивлении изъятию церковных ценностей в Шуе.