По итогам процесса были приговорены к различным срокам заключения 16 человек, а священномученики протоиерей Павел Михайлович Светозаров, священник Иоанн Стефанович Рождественский и мученик Пётр Иванович Языков были приговорены к расстрелу и казнены. Состоявшийся первым Шуйский «церковный» процесс должен был стать образцом для последующих подобных показательных процессов по всей стране. 25 апреля 1922 г. был издан специальный циркуляр Верховного трибунала за подписью Николай Васильевич Крыленко о порядке ведения дел в отношении «церковников», переданный губернским революционным трибуналам. При организации таких процессов предписывалось «в первую очередь привлекать к следствию и суду руководящие церковные круги данных мест», инкриминировать высшей церковной иерархии «идейное руководство» сопротивлением верующих при изъятии церковных ценностей. Поскольку ещё в марте 1922 г. Политбюро ЦК РКП(б) высказалось против немедленного ареста патриарха Тихона (Беллавина), организаторы первого Московского процесса не стали привлекать в качестве обвиняемых ни патриарха Тихона (Беллавина), ни помогавших ему в управлении Московской епархией архиереев. Главными обвиняемыми на процессе стали председатель Московского епархиального совета протоиерей Виктор Иванович Кедров, ректор Московской духовной академии профессор протоиерей Анатолий Петрович Орлов, благочинные московских благочиний протоиереи Александр Николаевич Заозерский, Александр Фёдорович Добролюбов, Христофор Алексеевич Надеждин, Николай Васильевич Поспелов, Василий Павлович Вишняков, Сергий Иванович Фрязинов (в связи с этими обвиняемыми было ещё одно неофициальное название процесса – «Дело московских благочинных»). Первый Московский процесс по обвинению 50 человек открылся 26 апреля 1922 г. Судебные заседания проходили в здании Политехнического музея. Председателем трибунала был М.М. Бек, как члены трибунала присутствовали Гусев и Дубровин. Обвинителями выступали Лунин и Лонгинов. Суд проходил с формальным соблюдением юридических норм: обвиняемым было предоставлено право на защитника (адвоката), заседания во время процесса проходили открыто для публики, осуждённые имели право на обжалование приговора в высшей инстанции. Однако фактически Московский революционный трибунал лишь утверждал решения, выносимые руководством ГПУ и Политбюро ЦК РКП(б). Проходившим по следственному делу московским священнослужителям были предъявлены обвинения в контрреволюционной деятельности и антисоветской агитации «в составе организации, называемой православной иерархией». Фактами преступной деятельности были названы распространение патриаршего воззвания, произнесение проповедей нерелигиозного характера с ложными сведениями о деятельности советских властей в отношении помощи голодающим и с призывами оказать сопротивление изъятию церковных ценностей, организация «всякого рода заявлений и протестов» от населения. Мирян, в основном, обвиняли в участии в «публичных скопищах» при изъятии церковных ценностей, ведении при этом антисоветской агитации и оказании противодействия представителям властей вплоть до избиения красноармейцев.