Чтобы избежать возможных столкновений верующих с милицией и войсками, патриарх выразил готовность выступить с новым воззванием к верующим о недопущении противодействия представителям власти, однако в тот же день в Москве началось массовое изъятие ценностей из храмов, что вызвало стихийные протесты и сопротивление верующих. Днём 31 марта, во время изъятия ценностей из храмов Скорбященского женского монастыря в Бутырках собрались около 200 человек протестующих. Возле других храмов, где происходили изъятия, согласно отчётам районных комиссий по изъятию церковных ценностей, собирались группы до 50 человек. Вечером 31 марта число верующих у Скорбященского монастыря увеличилось до 1,5 тыс. человек, в основном, это были рабочие соседних фабрик. В последующие дни протесты верующих нарастали. 3 апреля сопротивление изъятию священных предметов из Петропавловского больничного храма оказал персонал Сущево-Мариинской больницы, в тот же день у храма Рождества Богородицы в Бутырках собравшихся на защиту храма людей разогнал отряд кавалерийской части. 4 апреля верующие собрались возле храма Николы Явленного на Арбате, против них выступили 50 вооружённых красноармейцев. Изъятие церковных ценностей в Москве сопровождалось массовыми арестами приходского духовенства. Уже в первый день проведения кампании были арестованы 27 священнослужителей. 3 апреля Московская губернская комиссия по изъятию церковных ценностей во главе с начальником Московского губернского отдела ГПУ Филиппом Демьяновичем Медведем постановила «в 7-дневный срок поставить в Московском Ревтрибунале процесс священников, противодействовавших изъятию церковных ценностей». 5 апреля комиссия дала рекомендацию по действиям против собравшихся у храмов: «Не останавливаться перед арестами и производить их в масштабе абсолютно гарантирующего недопущение скопления публики. Аресты производить путём рассасывания толпы кавалерийским отрядом и отхвата части толпы – арестовывая её, конвоируя её до ближайшего отделения милиции». 3–5 апреля прошли самые массовые аресты представителей духовенства и мирян. Среди задержанных были настоятельница Новодевичьего монастыря игуменья Вера (Побединская), настоятель Сергиевского храма Троицкого патриаршего подворья иеромонах Макарий (Телегин), известные своей духовной деятельностью в Москве протоиереи Сергий Алексеевич Розанов и Павел Васильевич Лепёхин, священники Пётр Петрович Никольский и Дмитрий Иванович Крючков. Власти приняли «дополнительные меры изоляции» патриарха на Троицком подворье. У патриарших покоев была выставлена охрана, пропуск посетителей к патриарху был ограничен, некоторые из них были арестованы. 5 апреля противостояние верующих с представителями властей в Москве достигло высшего напряжения. Около 400 прихожан, собравшихся у храма святителя Николая на Таганке, были разогнаны частями особого назначения, прихожане Трифоновского храма в Сокольниках не допустили в церковь комиссию по изъятию. Наиболее драматические события произошли в этот день у Богоявленского храма в Дорогомилове, где при появлении комиссии находившиеся в храме верующие успели ударить в набат. Около храма быстро собрались почти 3 тыс. прихожан. Военные открыли огонь в воздух, в ответ в них полетели камни, восемь красноармейцев были ранены.