Шёл сбор подписей под коллективными обращениями прихожан во ВЦИК с просьбой об отмене декрета. С середины марта 1922 г. в некоторых губерниях началось изъятие церковных ценностей, что сопровождалось протестами со стороны верующих. В ряде мест они пытались препятствовать действиям членов местных комиссий и даже вступали в столкновение с охранявшими их милицией и войсками. 15 марта 1922 г. в городе Шуе Иваново-Вознесенской губернии по собравшимся по набату на защиту храма верующим был открыт пулемётный огонь, в результате чего несколько человек погибли, десятки были ранены. 19 марта в связи с событиями в Шуе Владимир Ильич Ульянов (Ленин) обратился к членам Политбюро ЦК РКП(б) с письмом, в котором потребовал «дать самое решительное и беспощадное сражение черносотенному духовенству», в том числе провести судебный процесс по делу сопротивления об изъятии церковных ценностей. При этом, как писал В.И. Ленин, судебные органы должны получить детальную директиву закончить процесс «расстрелом очень большого числа самых влиятельных и опасных черносотенцев г. Шуи, а по возможности, также не только этого города, а и Москвы и нескольких других духовных центров... Чем большее число представителей реакционного духовенства и реакционной буржуазии удастся нам по этому поводу расстрелять, тем лучше». Хотя до конца марта 1922 г. изъятия ценностей из московских храмов не проводились и соответственно не было случаев противодействия со стороны верующих, 20 марта ГПУ представило в Политбюро доклад о контрреволюционной деятельности патриарха Тихона (Беллавина), архиепископа Никандра (Феноменова) и некоторых членов Высшего церковного управления и Московского епархиального совета. В вину им ставились рассылка директив с призывами воспрепятствовать изъятию церковных ценностей и организация с этой же целью нелегальных собраний московского духовенства. 22 марта доклад ГПУ был рассмотрен и одобрен Политбюро. В ночь на 23 марта были арестованы управляющий Московской епархией Крутицкий архиепископ Никандр (Феноменов), пребывавший в Москве Варшавский митрополит Серфим (Чичагов), викарий Московской епархии Верейский епископ Иларион (Троицкий), председатель Московского епархиального совета протоиерей Виктор Иванович Кедров, член Высшего Церковного Совета священник Илия Михайлович Громогласов (впоследствии протоиерей), ключарь храма Христа Спасителя в Москве и ближайший помощник патриарха по управлению Московской епархией протоиерей Александр Александрович Хотовицкий (впоследствии протопресвитер), благочинный Замоскворецкого сорока протоиерей Христофор Алексеевич Надеждин и несколько других священников московских храмов и членов приходских советов – всего около десятка человек, причастных к управлению Московской епархией. 28 марта в ГПУ был вызван патриарх Тихон (Беллавин). На допросе патриарх взял на себя всю ответственность за составление воззвания и заявил, что в послании он лишь дал оценку изъятию церковных ценностей с канонической точки зрения, но не призывал к каким-либо насильственным действиям. 31 марта патриарх был вызван на повторный допрос. Сотрудники ГПУ предупредили его о «самых решительных мерах» со стороны ГПУ и судебных органов в случае «повторения фактов, подобных событиям в Шуе».