4 мая на заседании Политбюро ЦК РКП(б) был рассмотрен доклад о ходе процесса, составленный председателем Московского трибунала М.М. Беком и членами Политбюро – фактическим руководителем Центральной комиссии по изъятию церковных ценностей Львом Давидовичем Троцким и председателем Моссовета Львом Борисовичем Каменевым. Политбюро во главе с В.И. Лениным (он впервые председательствовал на совещании после долгого перерыва из-за болезни) постановило дать Московскому трибуналу следующие директивы: 1) немедленно привлечь к суду патриарха Тихона; 2) «применить к попам высшую меру наказания». Таким образом, Политбюро приговорило к смерти подсудимых ещё за несколько дней до официального вынесения приговора. Также на заседании был рассмотрен вопрос о недостаточном освещении в прессе судебного процесса над московскими священнослужителями и мирянами. Политбюро поручило Л.Д. Троцкому «сегодня же инструктировать редакторов всех московских газет о необходимости уделять несравненно большее внимание этому процессу и, в особенности, выяснить роль верхов церковной иерархии». В тот же день Л.Д. Троцкий отправил в редакции газет «Известия», «Правда» и «Рабочая Москва» послания, в которых угрожал руководству изданий партийной ответственностью за «преступное упущение, прямой бойкот и саботаж» в отношении освещения и разъяснения процесса, имеющего «величайшие политические последствия». Л.Д. Троцкий потребовал от редакций отвести процессу над московским духовенством главное место в ближайших субботнем и воскресном номерах; инструктировал газеты, что в их статьях церковь должна быть показана «централизованной антинародной контрреволюционной организацией, которая прикрывается религией, а на деле является политическим сообществом» и что значение Шуйского и Московского процессов заключается в том, что они раскрыли эту контрреволюционную организацию. Пропагандистская кампания в газетах должна была подготовить общественность к вынесению смертных приговоров обвиняемым и к репрессиям против церкви. 5 мая на заседание Московского трибунала был вызван патриарх Тихон (Беллавин). По воспоминаниям очевидцев, при появлении патриарха три четверти присутствовавших в зале встали, приветствуя первосвятителя. Во время допроса патриарх держался спокойно, с достоинством отвечал на вопросы председателя трибунала М.М. Бека и обвинителя Лонгинова. Патриарх подтвердил, что послание по поводу изъятия церковных ценностей было написано им лично, другие обвиняемые не принимали в его составлении никакого участия. На вопрос председателя трибунала: «Вы считаете, что советская власть поступила неправильно, и вы были вынуждены выпустить воззвание?» – последовал короткий ответ патриарха: «Да». Отвечая на вопросы обвинителя, патриарх заявил, что с каноничной точки зрения изъятие священных предметов является святотатством, а если и допускается по причинам христианской благотворительности, то только в случаях, когда сама церковь распоряжается своим имуществом, и вся каноничная ответственность при этом возлагается лично на патриарха. Тихон (Беллавин) отказался считать изданное им послание контрреволюционным действием; по его словам, обвиняемые за распространение патриаршего послания священнослужители оказались на скамье подсудимых по недоразумению.