Во время допроса патриарха председатель трибунала поднял вопрос о законности существования органов церковного управления, поскольку декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» 1918 г. не предусматривал для религиозных объединений никаких организаций, в том числе иерархии как юридического лица. Таким образом, существование церковной иерархии было представлено революционным трибуналом как нарушение советского законодательства. Патриарх ответил, что это – внутрицерковное дело. Защитник, в свою очередь, попросил патриарха уточнить, действуют ли органы церковного управления – Синод и Московский епархиальный совет – открыто и официально? На это патриарх ответил: «Официально, мы не закрыты ни для власти советской, ни для Церкви». Также патриарх сказал, что никаких извещений о закрытии органов церковного управления от властей он не получал. В конце допроса председатель трибунала, напомнив о событиях в Шуе и Москве, попытался своим вопросом обвинить в происшедшем там кровопролитии патриарха: «Считаете ли вы, что ваше воззвание содержало в себе места, которые должны были волновать верующих и вызвать их на столкновение с представителями советской власти? Не считаете ли вы, что та кровь, которая пролилась в Шуе и в других местах и которая может ещё пролиться, будет лежать и на вас?» На это патриарх ответил: «Нет». Сразу после окончания допроса обвинитель сделал заявление о привлечении патриарха и архиепископа Никандра (Феноменова) к судебной ответственности. В тот же день патриарх Тихон (Беллавин) был допрошен в ГПУ, а 6 мая заключён под домашний арест. В последующие дни на заседаниях Московского трибунала была зачитана обвинительная речь прокурора с требованием вынесения смертного приговора главным обвиняемым, подсудимым предоставили право выступить с последним словом. Большинство из них повторили слова о невиновности в предъявленных им обвинениях. Многие отказались от последнего слова. Особенно ярким было выступление на суде В.И. Брусиловой, которая сказала членам трибунала: «Ваш приговор я встречу спокойно, потому что по моим религиозным верованиям смерти нет. Я милости и пощады не прошу». 8 мая состоялось оглашение приговора Московского трибунала. К расстрелу были приговорены восемь священнослужителей и трое мирян. На смертную казнь осудили благочинных протоиереев Александра Николаевича Заозерского, Александра Фёдоровича Добролюбова, Христофора Алексеевича Надеждина, Василия Павловича Вишнякова, Сергия Ивановича Фрязинова, Анатолия Петровича Орлова, иеромонаха Макария (Телегина). Из мирян к расстрелу были приговорены прихожане дорогомиловского Богоявленского храма: владелец мясной лавки Сергей Фёдорович Тихомиров (см. ст. Сергий Тихомиров, мученик) и заготовщик дров М.Н. Роханов, которых обвинили в непосредственном участии в избиении красноармейцев, а также В.И. Брусилову, открыто назвавшую членов комиссии по изъятию церковных ценностей грабителями. Из числа главных обвиняемых смертного приговора избежал только председатель Московского епархиального совета протоиерей Виктор Иванович Кедров, выступивший в ходе процесса с критикой патриарха Тихона (Беллавина) и архиепископа Никандра (Феноменова).