Он и ещё пятеро священнослужителей были приговорены к пяти годам лишения свободы; два священника и 11 мирян (в том числе два профессора, пять студентов, два научных сотрудника и служащий райсовета) – к трём годам лишения свободы; десять человек (два священника и восемь мирян) – к году лишения свободы; десять человек (один священник и девять мирян) решением трибунала были освобождены от наказания. Особое значение имело постановление Московского революционного трибунала в заключительной части приговора о преступной деятельности «организации, называемой «православной иерархией», ...имеющей свои ячейки по всей России». Также трибунал обратил внимание на то, что, согласно декрету «Об отделении церкви от государства и школы от церкви», религиозные объединения не имеют права на создание органов управления с юридическими и административно-хозяйственными правами. На этом основании трибунал делал вывод о незаконности существования «самостоятельной церковной организации во главе с высшим патриаршим управлением». Таким образом, речь шла об уничтожении всей организационной структуры Русской церкви, о превращении её в совокупность отдельных религиозных общин. 8 мая, уже в день вынесения приговора, Л.Б. Каменев вынес на рассмотрение Политбюро ЦК РКП(б) предложение о пересмотре приговора Московского трибунала в сторону его смягчения. Исследователи полагают, что глава Моссовета опасался, что казнь 11 невиновных человек может вызвать общественное возмущение и спровоцировать в столице беспорядки. Л.Б. Каменев предлагал ограничиться расстрелом двух священников. В тот же день путём опроса членов Политбюро большинством голосов было принято решение оставить приговор без изменений. Против отмены приговора голосовали В.И. Ленин, Л.Д. Троцкий, Иосиф Виссарионович Джугашвили (Сталин) и Григорий Евсеевич Зиновьев; Л.Б. Каменева поддержали только Алексей Иванович Рыков и Михаил Павлович Томский. Однако в дальнейшем Л.Д. Троцкий решил использовать возможность отмены смертного приговора для части приговорённых в интересах обновленчества. По его предложению 11 мая Политбюро приняло решение приостановить исполнение приговора. Л.Д. Троцкий выступил за разделение приговорённых на две группы, одну из которых следовало помиловать после ходатайства обновленцев. 12 и 13 мая во ВЦИК поступили обращения с просьбами о помиловании осуждённых священников от обновленческих деятелей протоиереев Александра Ивановича Введенского, священников Владимира Дмитриевича Красницкого, Сергея Влидимировича Калиновского и др., что освещалось в советской печати (ходатайство о помиловании приговорённых от патриарха Тихона (Беллавина) было подано ещё 9 мая, но в государственных газетах о нём не упоминается). 13 мая назначенная Политбюро комиссия в составе председателя Московского трибунала М.М. Бека, заместителя председателя ГПУ Иосифа Станиславовича Уншлихта и начальника восьмого (церковного) отдела Наркомата юстиции Петра Ананьевича Красикова подготовила список тех пяти приговорённых к смерти, в отношении которых «приговор должен быть приведён в исполнение безусловно»: протоиерей Христофор Надеждин, священник Василий Соколов, иеромонах Макарий (Телегин), миряне Сергий Тихомиров и Михаил Роханов. Каждому приговорённому давалась характеристика, обосновывавшая необходимость смертного приговора, прежде всего, по причине активной общественной позиции обвиняемого во время изъятия церковных ценностей и на самом процессе.