В приходо-расходной книге 1577 г. есть указание на строительство приспособления для ловли рыбы на реке Леже. Монастырский слуга Феодорит в ноябре «делал езда [езы], дрова сек на усть Лежи». В 1582 г. царь выдал игумену Адриану жалованную грамоту вместо сгоревшей при пожаре. Она утверждала за Корнилиевым Комельским монастырём все его владения, а также соляные варницы на реке Кулой Двинского уезда. В 1599 г. по жалованной грамоте Бориса Годунова монастырь получил право ловить рыбу двумя неводами в реках Вологде, Сухоне и Леже. Записи в приходорасходной книге свидетельствуют, что в 1560–1570 гг. обитель владела конскими и коровьими стадами. К началу XVII в. большая часть владений Корнилиева Комельского монастыря по-прежнему располагалась в Вологодском уезде. Однако монастырю принадлежали также деревни и угодья в Пошехонье, Костромском уезде., на реках Лежа, Киекса, Окольная Сухона и др. По сотной грамоте 1631 г., описывавшей вотчину монастыря в Комельской и Обнорской волостях, обители принадлежали 143 поселения (включая пустоши), а также владения приписных Коптевой и Перцовой пустынь – 13 селений. По жалованной грамоте Корнилиеву Комельскому монастырю 1621 г. власти обители ежегодно получали от государства 350 руб. на приобретение необходимых братии товаров: «Велели им про монастырской годовой обиход купить по их росписи воску и ладану, и вина церковного, и фимьяну, и патоки, и на братью, и на слуг, и на служебников, и на всяких монастырских служебников сукон, и холстов, и обуви, и мереж на рыбную ловлю, и железа, и укладу, и лошадей, и коров, и рыбы, и всякие монастырские мелкие рухляди». Большой интерес для исследователей представляет корнилиевское село Грязивицы, расположенное в 5 км к северу от монастыря. В 1631 г., когда была составлена сотная грамота, в нём были две деревянные церкви – апостолов Петра и Павла с приделом Корнилия Комельского и Рождества Христова. При храмах располагались строения «церковное, монастырское и приходных людей» и колокольня с колоколами. В селе насчитывалось сорок дворов: один монастырский, остальные крестьянские. Регулярно устраивались ярмарки. По воскресеньям съезжались крестьяне как из вотчины Корнилиева Комельского монастыря, так и из других мест. Монастырь получал большой доход от торговли, поскольку, как отмечает сотная, все пошлины от торговли собирали монастырские служители и использовали на нужды обители: «В селе ж торг по воскресеньям, торгуют тутошние и приезжие крестьяня хлебом и всякими мелкими товары; а пошлины збирают на монастырь по государеве жаловалнои грамоте за приписью диака Семена Головина 129-го году». В 1631 г. в вотчине Корнилиева Комельского монастыря указаны 407 дворов, в которых жили 518 человек. Только крестьянское население вотчины составляло около 3150 человек. В церковных и монастырских дворах проживало около 190 человек, а 16 – в кельях при церквах. Таким образом, общая численность населения вотчины Корнилиева Комельского монастыря в Вологодском уезде составляла 3356 человек. В XVII в. продолжался рост и монастырских владений, преимущественно за счёт вкладов на помин души и пожалований местных феодалов. Во второй половине XVII в. наиболее распространённым стал обмен земли. В копийной книге монастыря только в 1690 гг. зафиксировано 27 таких сделок (Государственный архив Вологодской области).