По описи 1657 г., в Корнилиевом Комельском монастыре был каменный пятиглавый Введенский собор, крытый тёсом, с приделами в честь Усекновения главы св. Иоанна Предтечи и во имя Николая Чудотворца («да к тои же церкви приделана церьков, а в неи служба Феодора Стратилата, а другая служба преподобнаго чюдотворца Корнилия над ево чюдотворцовым гробом, шатровая о дву главах; а на них кресты железные»). Каменный храм преподобного Антония был тёплым, трапезным, «об однои главе, а на неи крест железнои, крыта тесом». К каменной колокольне («верх шатров, крест на неи железнои») была «приделана» другая каменная колокольня, меньших размеров, «верх шатровои же, крест на неи древянои, обоян железом белым». Под маленькой колокольней находилась книгохранительная палата, а под большой – ризница. Во второй половине XIX в. на четырёхъярусной колокольне (конец XVI в.) висели 12 колоколов, самый большой из них – 108-пудовый, работы амстердамских мастеров. В XVIII в. монастырские строения ветшали. Согласно описи игумена Иувеналия (Воейкова) 1775 г., у Введенской церкви «снаружи и внутри на стенах и в сводах… разселины… во время дожей сковозь кровлю по швам во многих местах паперти проходит вода… Пазушины и своды почти никогда не просыхают, отчего подмаска и кирпичи отваливаются», в церкви преподобного Антония «на трапезе же и на протчем строении кровли деревянныя все погнили…, от чего своды приходят в самую к падению опасность», настоятельские кельи названы «весма ветхими и к жителству не способными». Исследователи полагают, что в начале XIX в. финансовое положение Корнилиева Комельского монастыря немного улучшилось, поскольку монастырские здания были поновлены. В 1811 г., при игумене Германе, возвели деревянную ограду, к середине XIX в. – каменную, ограничивающую территорию обители с двух сторон. С двух других сторон стояли каменные здания. К середине XIX в. в Корнилиевом Комельском монастыре были каменные Введенский собор, тёплая Воскресенская церковь с приделами преподобного Антония Великого, святых Василия Великого и княгини Ольги и надвратная церковь Николая Чудотворца (1701 г.) в южной стене ограды. С южной стороны к Введенскому собору примыкала каменная церковь во имя преподобного Корнилия Комельского, а также деревянная церковь, освящённая во имя св. князя Александра Невского (вместо бывшего здесь раньше храма или придела во имя великомученика Феодора Стратилата). Из-за обветшания церкви во имя преподобного Корнилия и во имя св. Александра Невского в 1854–1856 гг. были перестроены в однопрестольный храм во имя преподобного Корнилия Комельского. В 1876 – 1880 гг. вологодский купец Владимир Андреевич Гудков-Беляков над могилой своей жены на территории Корнилиева Комельского монастыря построил небольшую каменную церковь в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость». В обители располагались каменный двухэтажный настоятельский корпус, два братских корпуса, каретники, конюшенный, скотный дворы, большая изба для монастырских служителей и богомольцев «из простого народа», каменная сторожка. По углам каменной ограды стояли башни. В 1889 г. в монастыре открылось начальное училище, которое находилось под опекой настоятеля и братии, к началу ХХ в. была гостиница для богомольцев – несколько деревянных корпусов на берегу реки Нурмы. За оградой стояли три часовни: две – на Московской дороге, третья – над колодцем с минеральной водой с пристроенными лечебными купальнями.