В Корнилиев Комельский монастырь наиболее крупное земельное владение приобрёл в 1693 г. игумен Климент. Он выменял у княгини Марьи Изотовой сельцо Шубино с пустошами Крюковой и Карманцовой в Переславском уезде, отдав взамен пустоши Вязьма и Карпово в Ухтомской волости Пошехонского уезда. На протяжении XVII в. в монастырь поступили пустошь Тимова от князя И.Т. Ухтомского в 1655 г., пустоши Захарьина и Красный Холм в Пошехонском уезде от Воина Леонтьева, Григория Васильева и Ивана Никитина Шитуновых в 1684 и 1686 гг., деревня Ласконцево от Фёдора и Дмитрия Гневашевых в 1694 г., деревня Хомутникова по закладной от вдовы Ирины Мишевской в 1697 г. и др. (Российский государственный архив древних актов). В 1657 г. только близ Корнилиева Комельского монастыря на воловьем дворе содержалось 60 коров и быков. До 500 копён сена ставили на отхожих монастырских пожнях, которые располагались на реках Сухоне, Вологде, Леже, Киексе и др. В описи монастырского имущества 1657 г. названо пять рыболовных угодий: «Два истока, в одном идет в Корнилив монастырь 4 рыбы, а пятая идет в Прилуцкои монастырь; другои исток на Кекосе да ез на усть реки Лежи и двор становои; да ез на Верхнои Сухоне; ез на реке на Вологде; на реке ж на Вологде другои ез, словет Пустяк». С XVI в. Корнилиев Комельский монастырь владел четырьмя соляными варницами на реке Кулой в Двинском уезде. Об этом сообщает жалованная грамота царя Фёдора Ивановича 1582 г. С каждой варницы монастырь должен был платить в казну по 11 алтын: «А остаётся у них за монастырским обиходом у году по 5 тысяч пуд соли. А ходит, де, под тою солью водяным путём один дощаник и с тех их 4 варниц оброку и иных податеи имати не велено». Монастырские власти продавали соль в Москве, Твери, Вологде, Тотьме, Устюге, Холмогорах и др. Ещё в первой половине XVI в. варницы принадлежали обители, однако в 1552 г., во время пожара в Корнилиевом Комельском монастыре, первоначальная жалованная грамота на их использование сгорела. В 1629 г. право на владение монастыря соляными варницами на реке Кулой подтвердил царь Михаил Фёдорович. Во второй половине XVI – XVII вв. власти Корнилиева Комельского монастыря уже регулярно покупали соль. По таможенной книге Вологды 1634 г., казначей Симеон купил мех соли у старца Антониева Сийского монастыря. В 1703 г. монастырь купил десять мехов соли весом в 300 пудов 3 четверти (Государственный архив Вологодской области). Таким образом, в XVII в. монастырь прекратил эксплуатацию соляных варниц. Корнилиев Комельский монастырь совместно с Павловым Обнорским монастырём владел двором в Москве, «за Белым городом, за Стрелечьи вороты в Печатнои слободе». По переписной книге Вологды 1678 г. Комельскому монастырю принадлежало в городе и на посаде два двора (Российский государственный архив древних актов). В первой половине XVII в. исследователям известно о двух ярмарках в обители. Их устраивали в дни монастырских праздников – Введения во храм Пресвятой Богородицы в ноябре и преподобного Антония Великого в мае (июне) и называли соответственно Введенской и Антониевской. Сельское хозяйство развивалось в сёлах Лапшино и Новое в Вологодском уезде, Погорелое и Мошенкино в Пошехонском уезде. Монастырю принадлежали также Коптева и Перцова пустыни. В конце XVII – начале XVIII вв. денежные средства, в основном, поступали в Корнилиев Комельский монастырь от сбора пошлин. Получив в 1621 г. от государства это право, к началу XVIII в. монастырь собирал их на сумму около 334 руб. 3 алтын, что равнялось 49,3% всех монастырских доходов.