По первым двум во владение Корнилиева Комельского монастыря перешли пожни Селедковская и Шестовариха (Государственный архив Вологодской области). Купчая Юрия Ухтомского свидетельствует о продаже монастырём князьям своих деревень на реке Ухтоме, которые находились в его владении ещё до 1538 г. Князья Ухтомские мотивировали свою покупку тем, что это их родовые земли, на возвращение которых было получено разрешение великого князя. Таким образом, монастырь продал 30 населённых пунктов. Но уже в 1544 г. князья Ухтомские уступили обители четыре выти в сельце Погорелом, взяв за них с игумена Лаврентия 200 руб. (Государственный архив Вологодской области). В 1547 г. князь Василий Фёдорович Холуев-Ухтомский в своей духовной отказал игумену Лаврентию в Ухтомской волости за 100 руб. сельцо Борисоглебское с деревнями, починками и угодьями. По этой духовной Корнилиев Комельский монастырь получил сельцо, четыре деревни, пять починков и пустошь, а также несколько наволоков на реке Ухтоме (Государственный архив Вологодской области). В 1547 г. настоятель Коптевой пустыни старец Алипий, оставшись в пустыни один, передал её со всеми грамотами и документами на землю игумену Лаврентию. Пустыни принадлежало 13 починков. Но окончательно она была приписана к Корнилиеву Комельскому монастырю в 1596 г. В 1540 гг. в монастырь от Стефана, Ерофея и Андроника Селивановых по закладной в 4 руб. поступила пожня на Верхней Сухоне. К середине XVI в. владения Корнилиева Комельского монастыря располагались в Комельской (47 починков) и Обнорской (24 деревни и пять починков) волостях и за пределами Вологодского уезда. Обители принадлежали угодья на Окольной Сухоне. В 1551 г. старец Савватий передал монастырю пожню Саватьиха на реке Дубенке, в 1561 г. Губа Прокофьев по кабале в 2 руб. передал монастырю пожню на реке Леже, в 1565 г. Стефан Ильин Матафтин заложил в обитель пожню Ветреница на реке Леже, в 1570 г. Аверкий Годылев дал пожню Вошти на волоке Коневец, тогда же по закладной от Никиты Иванова с детьми поступила в монастырь пожня Якимиха на Окольной Сухоне. Ряд земельных угодий попал в Корнилиев Комельский монастырь в качестве вклада по душе. Так, в 1571 г. Кирила Остафьев Вахнев «по своей душе и по своих родителех в наследие вечных благ» дал пожни Лепентьевские по реке Вологде, Марья Федоровна Андреева в 1576 г. – пожню Андреиху на Окольной Сухоне, а сын боярский Фёдор Петухов в 1579 г. – пожню Долгушу на Долгом плесе на реке Вологде (Государственный архив Вологодской области). Но самым крупным приобретением во второй половине XVI в. стала Перцова (Персова) пустынь, в 1588 г. приписанная к обители. Исследователям известны и царские пожалования. Игумен Исакий в 1563 г. просил у царя Ивана IV Васильевича грамоту на владение деревней Комаровой и находящейся при ней мельницей на реке Обноре, «чтобы та деревня пуста не была и оброк бы царя и великого князя шол в казну, давати з году на год по тридцати алтын да пошлин с того оброку десят денег… впервые на Сретенье Христово лета 7071». В 1570 г. царь пожаловал монастырю четыре выти рыбной ловли в Оназимском истоке. Этим истоком монастырь владел совместно с Прилуцким монастырём: «...А пятую рыбу в том истоке ловят Прилуцкого монастыря старцы».