Мощи основателя почивали в церкви преподобного Корнилия под спудом. В 1821 г. была устроена деревянная рака с медными посеребренными листами. Сверху находился образ преподобного Корнилия «в рост», украшенный серебряной ризой. В том же храме были могилы преподобных Лаврентия и Кассиана, преемников преподобного Корнилия. В Воскресенской церкви почитались копия с чудотворной Владимирской иконы Божьей Матери и чудотворная икона преподобного Корнилия Комельского. В XIX – начале XX вв. жители города Грязовца (бывшего монастырского села Грязивицы) брали эти иконы в крестные ходы во времена неурожаев, эпидемий и т.п. В Воскресенской церкви «за стеклом в особом футляре, сделанном в виде аналоя» хранились часть власяницы и фелонь, принадлежавшие преподобному Корнилию. В монастырских описях второй половины XVII в. упоминаются «судки чудотворца Корнилия деревянные». Пользовался почитанием и колодец на Московской дороге, выкопанный преподобным Корнилием, над которым стояла часовня. В качестве вклада во владимирский в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастырь в 1617 г. в Корнилиев Комельский монастырь попала книга «Беседы Иоанна Златоуста» (1592 г.). На ней была запись: «Писана… з добрых переводов честных монастырей Заволжских Павловского и с перевода преподобного отца нашего святаго старца Корнилия Комельского чюдотворца, а перевод его руки; а правлена на Москве». Документы по истории Корнилиева Комельского монастыря хранятся в Государственном архиве Вологодской области; значительная часть материалов по истории монастыря XVIII – начала XX в. собрана в Фонде 520 (Корнильево-Комельский монастырь). Здесь же сохранилась Копийная книга актов монастыря – основной источник сведений по истории формирования монастырской вотчины в XVI–XVII вв. Большое количество источников сведений по истории Корнилиева Комельского монастыря хранится в Российском государственном архиве древних актов, в Архиве Санкт-Петербургского института истории РАН, Отделе рукописей Российской национальной библиотеки, Вологодском историко-архитектурном художественном музее-заповеднике и др. (часть материалов опубликована). С момента основания Корнилиев Комельский монастырь был одним из центров книгописания. Перепиской книг занимался сам преподобный Корнилий. С обителью связана деятельность известных книжников – пострижеников преподобного Корнилия каллиграфа Исаака Собаки и монаха Артемия (ум. около 1575 г.). На рубеже XVI и XVII вв. в монастыре хранилась сборная рукопись, содержащая «Повести о видении Антония Галичанина», которую переписал монах Досифей (Топорков (Вощечников)). В Смутное время (начало XVII в.) библиотека понесла существенные потери. Часть книг вывезли «черкасы», некоторые рукописи были изъяты для разорённого литовцами вологодского Софийского собора. В описи 1657 г. отмечены 221 рукописная и 114 печатных книг, а также ещё 16 книг (не указано, печатных или рукописных). Описание 1657 г. свидетельствует, что в каменном монастырском книгохранилище кроме книг Ветхого и Нового Заветов, уставов, богослужебных текстов находилось значительное число четьих книг. Данных о житийной литературе у исследователей мало, поскольку все Жития, кроме Жития Николая Чудотворца, входили в состав сборников, содержание которых не раскрыто.