Заметное место занимали труды отцов церкви: святителей Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Василия Великого, преподобных Ефрема Сирина, Исаака Сирина, Иоанна Дамаскина, рукописи святых Дионисия Ареопагита, Петра Дамаскина, «Григория Беседовника» (Григория I, папы Римского), Симеона Нового Богослова, Григория, епископа Омиритского. Были в монастырской библиотеке «Повесть о Варлааме и Иоасафе» и «Лимонарь, сиречь цветник» (Киев, 1628 г.; извлечение из Синайского патерика). В 1676 г. в монастырской библиотеке были 223 рукописи, 122 печатные книги и ещё 19 книг. К 2015 г. местонахождение большинства рукописей оставалось неизвестным. В хранилищах Москвы, Санкт-Петербурга и Вологды выявлено всего 16 рукописей конца XV–XVIII в., происходящих из Корнилиева Комельского монастыря. В XIX в. состав библиотеки немного изменился. По наблюдениям Ольги Анатольевны Наумовой, в 1885 г. монастырское книгохранилище насчитывало 367 книг в 487 томах. Кроме грамот и богослужебных книг имелись «Правила монашеского жития» (12 книг), «Устав общежития», «Алфавит духовный, в ползу иноком и мирским, богоугодне жити хотящим, написанный» митрополита Киевского Исаии (Копинского), сочинение «Об истинном христианстве» (в четырёх книгах) святителя Тихона, епископа Воронежского и Задонского, «Училище благочестия», «Собрание поучений на все дни в году», «Указание пути в Царствие Небесное» святителя Иннокентия (Вениаминова), «Разсуждение о должностях пресвитеров приходских», «Наставление о собственных каждого христианина должностях», «Богословие» митрополита Платона (Левшина), «Обед душевный» (в двух томах), «Камень Веры» митрополита Стефана (Яворского), «Добротолюбие», «Пращица – против вопросов раскольнических» епископа Нижегородского Питирима, «Устав общежития монастырского, составленный преподобным Корнилием», «Разсуждения» (в 12 книгах) и Устав скитского монастырского жития (в 12 книгах) преподобного Нила Сорского, «Разсуждения о средствах сохранения и распространения древних писателей», «Духовный купец на духовном торжище и о купле на нем Царства Небесного» иеромонаха Иоакима (Ельцова), Жития архиепископа Задонского и Воронежского святителя Антония (Смирницкого), преподобного Паисия Величковского и др. Труды св. отцов насчитывали 49 книг, в том числе толкования Евангелия, «Беседы о покаянии Златоустаго», «Беседы на 14 посланий апостола Павла, Златоустаго», «Беседы» Василия Великого и Иоанна Златоуста, «Разсуждения о любви» преподобного Максима Исповедника, «О должностях» Амвросия Медиоланского, «Творения... с присовокуплением келейных записок» и «Летопись...» Димитрия (Савича (Туптало)) и др. Значительную часть собрания (23 книги) составляли исторические труды: «Летописец Российской истории», «Летописец Новгородский», «Краткая история Церкви» протоиерея Василия Ивановича Нордова, «История Российской иерархии», «Священно-библейская история в лицах». Среди книг назидательного, воспитательного характера были «Слово архиепископа Платона», «Беседы Филарета – архиепископа Ярославского», «Беседы епископа Михаила», «Наставление правильно состязаться с раскольниками», «Разговоры между испытующим и уверенным о православии Восточной церкви», «Благоговейное размышление о жизни и смерти Иисуса Христа», «Полезное напоминание иноку в начале его подвигов», «О воспитании детей у древних христиан», «Ответы Никифора – архиепископа Астраханского», «Христианское чтение», «Домашние беседы», «Руководство для сельских пастырей».