Исследователям известны и случаи открытого неповиновения настоятелю, и даже попытки покушений на него. В итоге преподобный Корнилий покинул Корнилиев Комельский монастырь: ушел на Сурское озеро, где основал небольшую пустынь. Исследователи полагают, что это было именно вынужденное переселение, а не удаление для молитвы и безмолвия, поскольку, рассчитывая вернуться, преподобный не назначил нового игумена, а выбрал 12 соборных старцев. Но по настоянию братии Корнилиев Комельский монастырь возглавил игумен преподобный Кассиан (ум. около 1534 г.?). Позже преподобный Корнилий вернулся в Корнилиев Комельский монастырь и умер в 1538 г. простым монахом, преподобный Кассиан же «устыдеся отца и остави игуменство». В 1538 г. казанские татары дошли почти до Вологды, многие обители были сожжены, а монахи разбежались. Разорению подвергся и соседний Павлов Обнорский во имя Святой Троицы монастырь. Но, когда татары подступили к Корнилиеву Комельскому монастырю, обитель показалась им «градом великим, готовым на брань». Посчитав себя обманутыми, татары избили проводников и бежали. Согласно пересказу текста грамоты великого князя Василия III Ивановича 1618 г., власти Корнилиева Комельского монастыря подчинялись великокняжескому суду, а архиерей игумена и братию «не судит ни в чём опричь духовных вещей». «Пошлинником» архиерея закрывался въезд на монастырские земли. По грамоте 1618 г., братия подчинялась суду царского дворецкого, а по грамоте 1629 г. – самого царя. Грамота 17 октября 1569 г. освобождала рыбные ловли монастыря от уплаты оброка. После пожара 1552 г. в Корнилиевом Комельском монастыре началось каменное строительство. В сотной грамоте 1631 г. указаны две каменные монастырские церкви – в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы и во имя преподобного Антония Великого. В обители также имелись игуменская, казённая и 30 братских келий, за оградой – конюшенный, гостиный дворы, «да 2 швални, да товарня, да кожевня, д[вор] хомутеннои, д[вор] служебников монастырьских. У монастыря ж солодовня да кузница. Да на монастырском поле д[вор] коровеи». В фондах Музея архитектуры Москвы сохранились схемы и наброски монастырского Введенского собора, разрушенного в середине XX в. Это был четырёхстолпный пятиглавый трёхапсидный храм без подклета. С юга располагался придел, в 1600 г. освящённый во имя преподобного Корнилия Комельского после установления патриархом Иовом общерусского празднования памяти основателя монастыря. Исследователи отмечают, что особенности архитектуры объединяли Введенский собор с другими храмами, находившимися в пределах Ростовской епархии (например, с собором Богоявления Авраамиева ростовского монастыря). На рубеже XVI и XVII вв., при игумене Иосифе, в Корнилиевом Комельском монастыре возвели шатровую колокольню. Надпись на камне в стене уточняет дату постройки – 1599 г. (исследователи полагают, что её строительство завершил игумен Алексий в 1604 г.).