Исидор Пелусиот не проявлял интереса к углублённым богословским исследованиям. Для него только Священное Писание говорит о Боге так, как о Нём следует говорить, и только Писание может быть наиболее адекватным выражением Откровения. Исидор Пелусиот понимал ограниченность человеческого языка и в вопросах богословия предпочитал быть осторожным, либо хранить молчание. Человеку невозможно постичь божественную природу, невозможно объяснить отношения между Лицами Пресвятой Троицы или Боговоплощение, поэтому, заключает Исидор Пелусиот, необходимо твёрдо придерживаться учения церкви и не искать объяснений божественным тайнам. Человек может только строить сомнительные предположения, его единственно надёжными и спасительными состояниями в вопросах богословия должны быть смирение, осознание своего полного невежества и готовность к принятию откровения. В человеке есть естественная предрасположенность к этому. О существовании Творца, например, свидетельствует не только Писание, но и сам тварный мир. Видимый мир указывает на невидимый, его человек постигает в духе, не прибегая к доказательствам или светским наукам. Только Бог может говорить о Боге, поэтому только Священное Писание есть настоящее богословие, и человек должен читать его, если хочет узнать что-то о Боге. Не следует «углублённо постигать» вероучительные истины, их нужно просто принимать; логика и силлогизмы в вопросах божественных являются пустой формой, не способной привести к истине, которая преподаётся только в церкви. По убеждению Исидора Пелусиота, все ереси происходят от гордости людей, ставших жертвами дьявола. Опровергая еретические учения, Исидор Пелусиот, несмотря на высказываемый скепсис в отношении научного богословия, был вынужден излагать догматы веры с помощью богословских технических терминов, не встречающихся в Священном Писании. Излагая учение о Пресвятой Троице, он следует схеме, характерной для ранних произведений Кирилла Александрийского: сначала Исидор Пелусиот приводит те места Священного Писания, которые раскрывают истину о трёх Ипостасях Божества, затем говорит о единстве сущности. «Божественное естество, – писал Исидор Пелусиот, – всего менее надлежит, подобно иудеям, сокращать в одного только единого Бога и Отца, но должно как бы расширять во Святую Единосущную Троицу. Ибо, различая по качеству Лиц и по личным свойствам Ипостасей, снова приводим во единого Бога по тождеству сущности». Почти дословно эта фраза встречается в шестой книге произведения Кирилла Александрийского «О поклонении Богу в духе и истине» (по мнению М. Ж. де Дюрана, Кирилл Александрийский заимствовал эту фразу у Исидора Пелусиота, а не наоборот). Исидор Пелусиот ссылается на Филона Александрийского, который, будучи иудеем и зилотом, невольно вынужден был признать в некоторых местах Священного Писания (Быт. 1:26; 19:24; Исх. 34:5; Пс. 103:1; Ис. 6:3) указание на троичность Лиц Божества. По мнению Исидора Пелусиота, эти тексты Писания ясно опровергают как учение Савеллия о единой Ипостаси, так и «многобожие эллинов, учениками которых решились быть Арий и Евномий, различие Ипостасей безрассудно перенеся на Сущность».