Далее Исидор Пелусиот привёл некоторые места из Нового Завета, где одежда понимается в прямом смысле (Мф. 3:4; Лк. 7:25; Деян. 12:21). При этом сам он не скрывал, что ему нравится проникать в духовный смысл Писания. В письме к Лампетию, объясняя, почему Иаков при рождении держался за пяту Исава (Быт. 25:26), Исидор Пелусиот говорит, что этим прикровенно обозначалось то, «что ум, в чистоте созерцающий Бога (ибо сие и значит Израиль), попирает пятою страсти чревоугодия». Значение надписи на Кресте Господнем он понимал как символ того, что страдания Спасителя и Его смерть были совершены «не за одну только Иудею, но и за всякую эллинскую и варварскую страну». Исидор Пелусиот опровергает мнение философов, которые слова апостола Иуды – «звёзды блуждающие, которым блюдется мрак тьмы на веки» (Иуд. 1:13) – толкуют в прямом смысле и под звёздами разумеют собственно звёзды, считая их разумными существами. Он полагает, что речь здесь идёт о человеческих злых поступках, «а не о звёздах и облаках, волнах и деревах, которые писатель приводит в пример, обвиняя людей, что они по произволению терпят то же, что те имеют по естеству». Слова Спасителя «да будут чресла ваши препоясаны» (Лк. 12:35), по толкованию Исидора Пелусиота, означают то, что нужно связать похотливые пожелания и воспрянуть мыслью к бодрствованию, воздерживаться от гнева, ревности, непозволенной любви и быть готовым проводить жизнь свою по Божественному закону. Слова «если правый глаз твой и правая твоя рука соблазняет тебя» (ср.: Мф. 5:29, 30) Исидор Пелусиот также толковал аллегорически: «Оком и рукою десною всеблагий Христос наименовал близость к нам друзей и преданных нам за их благорасположение искренно содействовать, назвав именами тех членов, которыми приводим в исполнение, что нам приятно. Посему как скоро кто-либо из них делается виновником соблазна, погрязает в каком-либо грехе, который и нас подвергает укоризне, и ему приносит бесчестие, надлежит отсечь такового; иначе и ты, подобно ему делаясь вредоносным, утратишь телесную чистоту, сообщив свой недуг тем, которые не заражены ещё подобными страстями». Упоминаемые в Книге Песни Песней Соломона (Песн. 6:8) «шестьдесят цариц» – это души, трудящиеся ради Царства Божия; «восемьдесят наложниц» – души, удерживаемые от зла страхом наказания; «девицы без числа» – души, хранящие целомудрие и ревнующие о правде по каким-либо мирским соображениям. «Единственная голубица» – это верховный собор святых, делающий доброе ради самого добра, собор, который исполняет, что должно, не ради мзды, не ради наказания, не по какому-либо житейскому предлогу, но из угождения Богу. Слова Мф. 25:27 («надлежало тебе отдать серебро моё торгующим») значат: «Тебе надлежало засвидетельствовать и показать неукоризненную жизнь». Типологическое толкование у Исидора Пелусиота имеет тесную связь с аллегорическим. Так, непостижимое соединение двух природ во Христе он видит в угле горящем, взятом клещами пророком Исаией (Ис. 6:6). Всякое пророчество, по Исидору Пелусиоту, есть возвещенное чистым божественным умом ведение будущего, но «срастворённого с настоящим». Истинное пророчество то, которое не только имеет своим предметом будущее, но и настоящее.