Всякая добродетель, согласно Исидору Пелусиоту, должна совершаться тайно, добровольно и в смирении. Так, в собственном смысле милостив тот, «кто оказывает благодеяние, но не разглашает о бедствиях страждующих. Если делает добро ради самого добра, то заслуживает большую награду, нежели делающий это ради награды. А если делает ради божественной награды, то будет поставлен во втором ряду. И если делает ради похвалы, то и получит, ради чего сделал. Но кто не делает должного ни ради самого добра, ни ради Божьей награды, ни ради человеческой похвалы, тот даже и не человек, а злой демон». Исследователи отмечают, что письма Исидора Пелусиота содержат много нравственных правил и наставлений о должностях различных чинов и званий: епископов, священников, монахов. Для него истинным священником и «преемником апостолов» может быть лишь тот, кто считает своё служение, скорее, тяжёлой ношей, чем честью, тот, чей образ жизни не противоречит учению, кто считает себя обязанным явить самую высокую добродетель. Этот образ жизни вовсе не является недостижимым идеалом, как это показали «граждане неба», т.е монахи. Священники и епископы, по мнению Исидора Пелусиота, должны не только учить словом, но и упражняться в добродетели. Священство «принадлежит добродетели», и «те суть иереи, которые выражают благочестие не в жертвах, но в едином естестве своём». Однако, впрочем, несовершенство священника не может быть основанием для признания недействительными совершаемые им таинства. Истинное «деятельное любомудрие» учеников Христовых требует отказа от духа мира сего, добровольной нищеты и воздержания. В потоке мирской жизни душа не находит себе досуга, необходимого для познания Бога; она может достигнуть божественной свободы только освобождаясь, насколько это возможно, от своих желаний. «Надобно, чтобы отрешение от себя было забвением прежнего образа мыслей и отречением от навыка, а послушание – омертвением и истлением удов, как написано, яже на земли (Кол. 3:5)». В определении самоотречения Исидор Пелусиот в точности следовал Василию Великому. Монах, отрёкшись от всего мирского и посвятив себя послушанию, должен следовать примеру Иоанна Предтечи и основателей монашества: питаться растительной пищей и одеваться во власяницу. Иноческая жизнь есть исполнение всех заповедей, она должна быть чужда гнева, гордости, сребролюбия и чрезмерного попечения о теле. Жизнь монаха – это «царство небесное», вся она устремлена к горнему. Любомудрие отвращается от шума и совершается вне смятения, но «если мы думаем, – писал Исидоре Пелусиот, – что для последования ангельскому житию достаточно иметь мантию, носить бороду и жезл, a между тем будем обращаться в толпе народной, слушать суетные мирские беседы, это будет означать, что мы хвалимся победными знаками, уклонившись от брани и борьбы, которою приобретается победа». Для монаха мало одного удаления от мира, нужно, чтобы и внутри души соблюдалась тишина помыслов. Инструментами к стяжанию этой тишины служат пост, бдение и смиренномудрие. «Пресыщение, – писал Исидор Пелусиот монаху Иоанну, – не умеет бодрствовать; гордость не может жить в покое; подвижничество требует бдения и кротости». Также он не советовал инокам предаваться заботе о внешней образованности.