Исидор Пелусиот признавал, что высшей формой любомудрия является «монашеское любомудрие», жизнь уединённая и безмолвная. Добродетельная жизнь в миру, пребывание в законном браке он также воспринимал как любомудрие, хотя и низшего порядка. Исидор Пелусиот называл монашеское любомудрие «высшим» и «божественным» не потому, что монахи внешне удаляются от мира, а потому, что в уединении и послушании человек легче может исполнить заповеди Евангелия. Для всякого предавшегося любомудрию, как монаха, так и мирянина, характерно, по Исидору Пелусиоту, послушание Евангелию, которое «не столько страхом, сколько обетованиями окрыляет приверженность в любителях добродетели». Того, кто ревностно стремится к евангельской жизни, оно «питает достойными уважения примерами». Поскольку Бог проявляет в Евангелии свою любовь и полноту своих даров, «страх оскорбить Его» больше страха перед несчастьями этой жизни. В письме к схоластику Офелию Исидор Пелусиот различает любомудрие умственное и любомудрие созерцательное, или благочестие, которое и есть в собственном смысле мудрость, и говорит, что на добродетели базируется как то, так и другое любомудрие. Сам он предпочитал любомудрие созерцательное, которое состоит в том, чтобы проникать духом в Писание и осуществлять в жизни то, о чём написано. «Закон безопасного любомудрия, правило строгой чистоты» Исидор Пелусиот видел в словах апостола: «Умертвите земные члены ваши» (Кол. 3:5). «Если желаешь, – говорит Исидор Пелусиот, – вести жизнь подвижническую, то обуздай скорость языка». Он болезненно переживал духовный кризис, в котором, по его мнению, находилась современная ему церковь. «Церковь, – писал Исидор Пелусиот, – подобна жене, лишившейся прежнего благосостояния и имеющей ещё напоминания о нём. Одни дерзают продавать священство, другие покупать. Одни делают то, о чём говорить не смею; другие говорят то, что и думать непозволительно». «В наше время, – писал Исидор Пелусиот в другом письме, – храмы украшаются сверх потребности, a над церковью шутят. Что касается до меня, то я лучше желал бы быть в те времена, когда храмы не были так украшаемы, а церковь была преисполнена божественных и небесных даров». По наблюдениям Исидора Пелусиота, нe доставало благочиния и в жизни многих монахов: одни не занимались рукоделием, проводя время в праздности, другие переходили с места на место, желая изысканной пищи, иные заботились о щегольстве в одежде. Исидор Пелусиот не одобрял людей, которые неблагоприятно отзывались о других без всякого основания или слишком строго судили ближних, однако виновных в преступлениях, если порок был гласен для всех, он обличал прямо и дерзновенно, желая исправления ближних и употребляя резкие выражения только против людей, упорных во грехе: «С людьми добрыми нужно поступать кротко, a против дерзких строже». Обличая порок, Исидоре Пелусиоте вместе с тем старался показать превосходство добродетели, её лёгкость. «Одна добродетель, – писал он, – имеет бессмертную славу. Добродетель не проходит co временем, не подлежит забвению, но всегда удерживает своё достоинство в красоте, цвете и силе».