Письма Исидора Пелусиота наряду с толкованиями содержат многочисленные нравственно-практические советы. Он учил черпать убеждения и жизненные правила из Божественного Откровения. Его толкования имели целью привести вопрошавших к благочестию и св. жизни, научить их посредством наставления в божественных истинах необходимым догматам веры и нравственности. Согласно Исидору Пелусиоту, внешнее знание Писания без внутреннего проникновения в его сущность имеет и дьявол, оно не помогает в благочестии, как Голиафу не помогло в борьбе с Давидом «внешнее вооружение при бессилии внутренних вспомоществований». Основа частной аскетической практики, по Исидору Пелусиоту, состоит в проникновении в смысл Священного Писания и реализации его в своей жизни. Само возникновение Писания он связывает с духовным возрастанием человека. С Ноем, Авраамом, Иовом и другими древними праведниками Бог беседовал непосредственно и без письмен. Апостолам вместо письмен была обетована благодать Святого Духа, которая должна была «напомнить всё» (см.: Ин. 14:26). Однако поскольку многие сошли с верного пути, то как в ветхозаветное, так и в новозаветное время опять необходимо было иметь Писание, через которое люди шли бы к добродетели. Нужда в Писании есть некая вина христианина, которая усугубляется тем, что он часто нерадиво относится к написанному. Эти рассуждения Исидора Пелусиота почти дословно повторяют аналогичные рассуждения Иоанна Златоуста, которыми он начинает свои беседы на Евангелие от Матфея. Учение, переданное людям Иисусом Христом и устным и письменным словом сообщённое апостолами многим, есть лествица, возводящая христиан к Богу. Ветхозаветный закон был дан людям несовершенным, он ниже евангельского закона, который был дан тогда, когда совершилась «полнота времён». Писание есть духовное зеркало, которое не только не показывает наше нравственное безобразие, но, если мы пожелаем, изменяет его в красоту. Исследователи отмечают, что Исидор Пелусиот весьма близок к тому, чтобы отождествлять духовное делание христианина с монашеским подвигом, однако для него бегство из мира и девственность сами по себе недостаточны для достижения христианского совершенства. Необходимо соблюсти все заповеди и стяжать все добродетели. При этом имеет значение не внешнее поведение или принадлежность к тому или иному чину и званию, но внутреннее духовное устроение. Исидор Пелусиот не использует различный язык и различную терминологию в зависимости от того, к кому он обращается – к монахам или к мирянам: ко всем, по существу, он предъявляет одни и те же требования. Утверждая высшую ценность монашеской жизни, он не считает её единственным образцом подлинно христианской жизни. Исидор Пелусиот не создал какого-либо монашеского устава, не уходил далеко во внутреннюю пустыню, как это делали египетские аскеты его времени. Монах, по его мнению, отрёкшись от мира, не отрекается от церкви, от её нужд и интересов, он живёт жизнью церкви, участвуя в таинствах, необходимых для спасения и данных только в церкви. Монахи зависят от священников и подчинены им. Настоящая аскеза, по словам Исидора Пелусиота, стремится «услужить всем». Ключевым понятием аскетического учения Исидора Пелусиота исследователи называют «любомудрие», под которым понимается определённый образ мыслей и образ жизни человека, стремящегося исполнить евангельские заповеди из любви к мудрости и истине, т.е. к Богу.