Этимологический анализ слов простирался у Исидора Пелусиота как на обычные слова, характерные для общего употребления (листья, ареопаг, старость женщина, месяц, храм, помощь, домоправитель), так и на редкие слова (акриды) и неологизмы Писания (хранилища, церковь, перворождённый). Еврейские имена интерпретируются традиционно, в русле толкований, восходящих, как полагают исследователи, к Филону Александрийскому или сборникам этимологий еврейских имён. Так, Израиль – это «ум, в чистоте зрящий Бога». Исследователи не сомневаются, что Исидор Пелусиот был знаком с трудами Филона Александрийского и делал из них прямые заимствования; иногда заимствования являются опосредствованными. Так, он ссылается на Филона Александрийского и его толкование Быт. 1:26 («Сотворим человека по образу Нашему…»), которое, по сути, является толкованием не самого Филона Александрийского, а Василия Великого, зависящего от Филона Александрийского и дающего христианское, триадологическое, переосмысление иудейского толкователя. Часто Исидор Пелусиот обращался в письмах к истории, например, сравнивая те или иные исторические события. Так, слова апостола Павла «...слава и честь и мир всякому, делающему доброе, во-первых, Иудею, [потом] и Еллину» (Рим. 2:10) он относил к Мелхиседеку, Иову, Корнилию (считал их бесспорно историческими личностями), которых можно назвать эллинами «не как идолослужителей, но как людей благочестивых, которые ведут жизнь по закону врождённому, и без иудейских обрядов сохраняют всё относящееся к благочестию». В ответ на просьбу диакона Исидора объяснить ему седины даниила Исидор Пелусиот привёл целый ряд хронологических данных, объясняющих соответствующее место Ветхого Завета. Нередко по ходу толкования Исидор Пелусиот приводил топографические и географические подробности, описывал нравы и обычаи народов, указывал на индивидуальные качества и особенности характера некоторых личностей, обнаруживая в этом большую осведомлённость. Аллегорического метода толкования Исидор Пелусиот не чуждался, однако пользовался им немного и только тогда, когда знал, что его адресат способен воспринимать духовный смысл Писания. В случае когда адресат негативно относился к аллегорической экзегезе, Исидор Пелусиот сознательно избегал её. Он осуждал толкователей, которые неумело пользуются аллегорическим методом, и утверждал, что нельзя допускать «насилия над смыслом» в угоду собственной воле. Так, например, Исидор Пелусиот не соглашался с тем, что под одевающимися в мягкие ризы (Мф. 11:8) можно аллегорически понимать сохраняющих правила подвижничества: «Что носить мягкие, тонкие и доброцветные одежды не значит сохранять правило подвижничества по Богу, спроси об этом Иоанна Богослова, описывающего хитон Господень; и он скажет тебе: “Хитон же Его был не сшитый, а весь тканый сверху” [Ин. 19:23]» (Ep. 74).