Изречениями в единственном числе Писание указывает на тождество естества Лиц Троицы, а выражениями во множественном числе – на отличительное свойство Ипостасей, возводимое к единству Сущности. «Простерши Ипостаси до Святой Троицы, возвести Их в единую Сущность – есть самый правый и истинный догмат». Эта же мысль, с упоминанием заблуждений Савеллия и Ария, выражена Исидором Пелусиотом с той лишь разницей, что «распространяются до Святой Троицы» не Ипостаси, а «число личных свойств»: «Как тождество естества разделяется Ипостасями, так личное свойство каждой из Ипостасей сочетается в единую Сущность». В другом письме единосущие Ипостасей выводится не путём экзегезы Ветхого Завета, а из понятия вечности, которое «прилагается обыкновенно к одному безначальному Естеству, в Котором все всегда то же и в той же мере». Таким образом, нельзя говорить, что в Троице есть «прежде и после», Она не допускает понятий «первое, второе, третье», потому что «Божество превыше числа, первоначальнее времён и превыше всякого помышления. Хотя Оно и различается по личным свойствам, но сочетается достоинством и сущностью». Исследователи находят триадологическую схему Исидора Пелусиота довольно простой: он оперирует формулами, которые уже прочно утвердились в церковном сознании после Никейского собора 325 г. Кроме Савеллия, Ария, Евномия и Фотина, Исидор Пелусиот не упоминает других участников триадологических споров. По мнению исследователей, его знакомство с различного рода богословскими партиями было ограниченным. Из «великих каппадокийцев» он упоминает только Василия Великого и лишь в связи с его аскетическими правилами. Исследователи отмечают, что подражание Исидора Пелусиота Григорию Богослову выразилось, скорее, в стиле его писем, нежели в содержании богословия. Тем не менее, аргументация Исидора Пелусиота всегда основывается на филологически точном и выверенном толковании именно тех мест Священного Писания, которые сыграли ключевую роль в антиарианской полемике IV в. В арианстве Исидор Пелусиот видел наибольшую опасность для церкви; по его мнению, каждый иерей обязан защищать истину и обличать эту ересь. «Я скорее откажусь от всякого другого дела, – писал Исидоре Пелусиот язычнику Фирасию, – нежели перестану, сколько есть сил, поражать Ария». «Между Арием и Евномием произошло разногласие не к лучшему. Напротив того, оба они старались превзойти друг друга в хуле. Один дерзко осмелился назвать Сына Божия тварью, а другой нечестиво нарёк Его рабом. Посему всеми силами должно бежать от того и другого, потому что оба учеников своих преисполняют окончательной гибели». Опровергая ариан и доказывая божество Христа, Исидор Пелусиот обращался, прежде всего, к авторитету Священного Писания. Ссылаясь на слова Христа «Сын ничего не может творить Сам от Себя» (Ин. 5:19), Исидор Пелусиот приводит их традиционное толкование: Господь сказал так по смирению и желая подчеркнуть, что Его воля во всём согласна с волей Отца. Исидор Пелусиот приводит ряд текстов, в которых «немощь» Христа означает не физическую слабость, а абсолютную невозможность для Него делать что-либо противное воле Отца. Это же учение Исидор Пелусиот развивает: «Если Сын видит, что творит Отец, Отец же творит изволяемое в совете, то, следовательно, Сын видит и самые советы Отца, потому что самое изволение Божье есть уже творение. А если Сын видит изволяемое в совете Отца и участвует в изволении, то, как очевидно, участвует и в естестве. Следовательно, у Отца и Сына одна сущность, как и одна воля».