Исследователи отмечают, что во многих письмах Исидора Пелусиота аскетическое учение тесно связывается с антропологией и с учением о падении и восстановлении человека. Грехопадение лишило человека дарованного Богом совершенства и вовлекло людей в жизнь, противную добродетели. Однако по человеколюбию Творца род человеческий вновь облекается в оружие добродетели, Слово Божье сходит на землю, покрывает нас любовью, как некой ризой ангельской. В ней, в этой любви, заключаются все виды добродетели. Все люди заражены грехом и нуждаются в очищении. «Если бы мы сказали, – писал Исидор Пелусиот, – что блажен тот, кто никогда нe грешит, то никто не был бы причастен ceгo блаженства. Ибо кто похвалится, что он имеет чистое сердце?». Впрочем, природа человеческая не совсем утратила прирождённые семена добра, она носит в себе точное и неложное судилище, правило добродетелей, которое Сам Иисус Христос предложил в виде заповеди: «Как хотите, чтобы с вами поступали люди, так поступайте и вы с ними» (Мф. 7:12). Принимая крещение, человек не только очищается от «преступления Адама», но и получает многие другие дарования, превышающие естество, удостаивается усыновления во Христе и участия в таинствах, становится членом Тела Христова. На пути к достижению добродетели человек не лишён «божественной помощи» (букв. «соратничества»), «силы свыше». Это последнее выражение, по мнению исследователей, было заимствовано у Иоанна Златоуста, который его часто использует. Человеческая свобода воли, с одной стороны, имеет предел, т.к. может быть использована ненадлежащим образом, с другой стороны, в ней проявляется подлинное величие человека. Если человек свободно следует воле Божьей, Бог приходит ему на помощь, даёт ему Свою благодать. Благодать, согласно Исидору Пелусиоту, не даётся «просто так», без предварительной подготовки, но согласно с «расположением воли» принимающего. Благодать Божья сначала испытывает свойство сердца человеческого и потом уже приступает к самому делу его освящения. Хотя благодать и есть безвозмездный и незаслуженный дар, она изливается не напрасно и не случайно, но в зависимости от веры и усилий человека. Господь, обладая непобедимой силой убеждения, не склонил Иуду следовать добродетели, оставляя место человеческой свободе. Действиями человека движет, с одной стороны, любовь к Богу, с другой – память о Страшном суде. Однако свободная воля человека должна проявляться не только в вере и словах, но и в конкретных делах, поскольку одна вера сама по себе не спасает Исидор Пелусиот называет божественную силу благодати «началом, причиной и корнем всякой добродетели». Не только воздаяние за доброделание, но и добродетель сама по себе уже является даром Божьим. По мнению Исидора Пелусиота, такое учение о монашеской жизни подтверждается жизнью святых основателей монашества, а также в некоторой степени «внешним воспитанием» языческой культуры, переданной в писаниях древних. Без сомнения, Исидор Пелусиот предостерегает от слишком высокой оценки этой культуры.