Начиная с третьей книги Ириней Лионский переходит к положительному раскрытию христианского вероучения, гностические воззрения опровергаются на основе Священного Писания и Священного Предания. К числу вопросов, затрагиваемых в этой книге, исследователи относят: преимущественный авторитет Священного Писания и Священного Предания как двух нераздельных источников христианской истины; учение о церкви как хранительнице и истолковательнице христианской веры; учение о едином Боге Творце и Учредителе Ветхого Завета; христология. Затем были написаны ещё две книги. В четвёртой книге Ириней Лионский разбирает изречения Иисуса Христа, обосновывая ими вопросы, рассматриваемые в предыдущей книге. Против Маркиона Ириней Лионский доказывает единство происхождения ветхозаветного Закона и Евангелия от одного и того же Бога; рассматривает вопросы о Святой Троице, о смысле евхаристической жертвы, о всеобщности искупления, о происхождении зла, о свободе воли, об апостольском преемстве и епископском служении и др. Пятая книга написана с целью дополнить вышесказанное «из прочих изречений Господа» и из апостольских посланий (в связи с их гностическими толкованиями). Главная её тема – учение о воскресении тел в связи с учением о воплощении Христа, вкушением евхаристических Даров и обитанием Святого Духа в верующих. Заключительные главы посвящены вопросам эсхатологии. Таким образом, деление трактата на пять частей (книг) было произведено самим Иринеем Лионским, в то время как деление на главы и параграфы относится к позднейшему времени (на это указывает разница в рукописях и в изданиях). Исследователи полагают, что трактат изначально был написан по-гречески, однако оригинальный текст не сохранился, за исключением многочисленных отрывков у древнехристианских писателей (Ипполита Римского, Евсевия Кесарийского, Епифания Кипрского и др.), позволяющих исследователям восстановить почти полностью первую книгу и лишь в небольшом объёме остальные. Помимо фрагментов у древних авторов, сохранились два фрагмента в оксиринхском папирусе начала III в. и в йенском папирусе конца III – начала IV вв. По мнению исследователей, греческий подлинник существовал до IX–X вв. (последнее свидетельство есть у патриарха Фотия), в дальнейшем прямых свидетельств о нём у древних отцов церкви нет. Начиная с XVI в. исследователи предпринимали попытки найти греческий оригинал. По словам Фёардана (1575 г.), некоторые благочестивые и учёные мужи утверждали, будто они видели и читали греческий экземпляр творений Иринея Лионского в библиотеках Венеции и Ватикана. Однако поиски не увенчались успехом. Теодор Цан (1878 г.) и Ринекер Ф. Мейер (1890 г.) при исследовании древних рукописных каталогов пришли к выводу, что в XVI и XVII вв. трактат Иринея Лионского был ещё известен на греческом языке; высказывались надежды (Фридрих Лоофс), что греческий текст может быть найден. Тем не менее, в полном виде трактат есть только в древнем латинском переводе. О времени появления этого перевода исследователи высказывают разные мнения. Фёардан приписывал его самому Иринею Лионскому или, по крайней мере, одному из его учеников, работавшему под его непосредственным руководством. Однако нередкие существенные расхождения латинского перевода с греческим подлинником не позволили исследователям принять эту гипотезу.