Публиковались многочисленные труды, посвящённые Иринею Лионскому – богослову и одному из «апостолов Галлии». Развитие города как торгово-промышленного центра способствовало строительству новых католических храмов, многие из которых были освящены во имя святых, связанных с церковной историей Лиона, – Поликарпа Смирнского, Пофина, Бландины, Евхерия, Виатора и др. Церковь св. Иринея, одна из важнейших святынь города Лиона, перестраивалась и обновлялась. В 1824–1830 гг. было возведено новое здание в стиле неоклассицизма с элементами «византийской» архитектуры, существенно расширена крипта. В 1863 г. крипту снова перестроили, обнаруженное в ходе работ захоронение связывалось с именем св. Захарии (мощи святого были помещены в одном из алтарей верхнего храма). В росписях церкви и в витражах Л. Бегюля (1901 г.) отразилось значение храма как древнейшей святыни Лиона, связанной с памятью о мучениках и об основателях Лионской церкви. В крипте была установлена рака Лионских мучеников, выполненная по чертежам П. Боссана (1856 г.). В раке находятся сохраненные частицы мощей Иринея Лионского, Пофина и Лионских мучеников Санкта, Бландины, Елеазара, Епиподия, Александра и Альбины. Сцены стенных росписей и мозаик построенной в 1872–1896 гг. по проекту П. Боссана базилики Богоматери на холме Фурвьер напоминали об истории христианства в Лионе, начиная с проповеди святых Пофина и Иринея Лионского. С почитанием Иринея Лионского был связан и комплекс зданий семинарии св. Иринея во Франшвиле (1900–1904 гг.). В XIX в. начались поиски мощей Иринея Лионского. В 1804 г. кардинал Жозеф Феш привёз из города Катандзаро (Италия) часть мощей почитаемого там св. Иринея, которого отождествляли с Иринеем Лионским. Другая частица мощей Иринея Лионского, обнаруженная в Клюни, была передана церкви св. Иринея. Однако глава Иринея Лионского, которая хранилась до Французской революции в кафедральном соборе, считалась утраченной. Среди духовенства бытовало предание о том, что в 1792 г. конституционный епископ Адриен Ламуретт (1791–1794 гг.) скрыл под главным алтарём собора важнейшие святыни – главу Иринея Лионского, мощи мучеников и фрагменты престола, на котором восседал папа Иннокентий IV во время первого Лионского собора. В ходе раскопок в соборе (1935 г.) святыни, якобы спрятанные А. Ламуреттом, обнаружены не были. При освящении главного алтаря собора (1936 г.) в него была помещена частица мощей Иринея Лионского. В XX в. почитание Иринея Лионского получило распространение среди православных во Франции. В 1939 г. в Париже открылся православный приход западного обряда во имя Иринея Лионского (см. Галликанский обряд в православной церкви, Западных обрядов православные общины). Имя Иринея Лионского носят русские католические приходы византийского обряда в Париже и Лионе, а также православный приход в Марселе (Константинопольский патриархат). Прихожане православных церквей Франции и Швейцарии совершают паломничества к церкви св. Иринея в Лионе. Во время визита в Лион 18 июля 2009 г. Константинопольский патриарх Варфоломей I посетил крипту храма и поклонился гробнице святого.