Глава общины вынуждал женщин вступать с ним в интимные отношения, убеждая, что через это на них сойдёт «божественная благодать». В 1925 г. П. Батуев был арестован и осуждён на восемь лет лишения свободы, однако община продолжила деятельность во главе с «богородицей» и была ликвидирована органами ОГПУ в 1930 г. Члены секты утверждали, что ими «правит духом» «заместитель Иоанна Кронштадтского» В.Ф. Пустошкин, которого они почитали Богом; после ареста П. Батуева «на место Христа» сектанты выбрали другого члена общины. Однако большинство иоаннитов считали себя частью православной церкви и не прекращали посещать храмы. Помимо присутствия на богослужении они ежедневно совершали домашние моления, на которые часто приглашали православных священников, признавая благодатность церкви и православной иерархии. Со своей стороны православное духовенство, в том числе архиереи, старались окормлять церковных иоаннитов, видя в них ревнителей строгого православия, бескомпромиссно настроенных к новой власти. В определённом смысле революция содействовала смягчению отношения церкви к иоаннитам, не желающим порывать с православием, поскольку в послереволюционные десятилетия эсхатологическая проповедь иоаннитов находила понимание у многих представителей духовенства, монашествующих, изгнанных из монастырей, раскулачиваемых и выселяемых крестьян и прочих верующих. В качестве примера таких групп иоаннитов исследователи называют существовавшую в Новгороде с 1912 г. общину старицы Марии Алексеевны Строгановой. К концу 1920 гг. в общине состояли 12 человек, трудившихся в общих парниках и в огороде. Они имели и маленькую пекарню, хлеб по субботам раздавали нуждавшимся. Ежедневно члены общины собирались на беседу у старицы Марии с молитвой, пением и чтением духовных книг. При этом иоанниты были прихожанами Знаменской церкви, а после её захвата обновленцами – сохранившегося у патриаршей церкви Входо-Иерусалимского собора. Иоанниты из общины М.А. Строгановой боролись за свои права. В январе 1930 г. они обратились в административный отдел Новгородского отдела НКВД с заявлением: «В отношении религиозных верований мы все православные – тихоновцы, обновленчество считаем ересью... Никакой секты и ничего другого, как то, может быть на нас клевещут, у нас нет. Мы просто православные верующие труженики». В январе 1932 г. новгородские иоанниты отправили председателю ВЦИК Михаилу Ивановичу Калинину прошение о защите их трудовой общины от притеснения местных властей: «По своим убеждениям мы православные христиане, домашняя молитва наша ничего общего с сектантством не имеет». В том же году члены общины были арестованы и осуждены к отбыванию сроков в исправительно-трудовых лагерях. М.А. Строганова была отправлена в ссылку, где вскоре умерла. Череповецкий епископ Макарий (Опоцкий), проживавший в период между заключениями в Новгороде с 1928 по 1933 гг. и знавший М.А. Строганову, организовал по примеру её общины «Трудовое братство» из мирян и монашествующих, просуществовавшее несколько лет. Иоанниты резко отрицательно отнеслись к обновленчеству, поддерживая на местах патриаршую церковь.