Как писал в воспоминаниях епископ Арсений (Жадановский), «иоаннитство появилось вследствие чрезмерного почитания отца Иоанна, а так как он был истинный пастырь, молитвенник и верный сын Святой Православной Церкви, а его поклонники отличались глубоким религиозным чувством, Господь не допустил развиться подобной ужасной ереси. Прошло немного времени после кончины батюшки, и по его молитвам так называемое иоаннитство почти рассеялось». Однако иоаннитские общины сохранились и впоследствии. Февральскую и Октябрьскую революции 1917 г. иоанниты встретили как исполнение пророчеств Иоанна Кронштадтского о неотвратимом гневе Божьем за отступление от веры русского народа и о страшных бедствиях, ожидающих Россию, о приближении конца мира. Иоанниты требовали от верующих отказаться от контактов с новой властью, призывали не участвовать в проводимых государством мероприятиях, не посещать советские собрания, не вступать в какие-либо организации безбожников, не записываться в колхозы, не посылать детей в школы. Проповедь иоаннитов имела успех, особенно среди крестьян. Одни вступали в иоаннитские общины, передавая туда средства от проданного имущества, другие благословляли уход в общину своих детей, в том числе взрослых дочерей, третьи (их называли благодетелями) жертвовали деньги, продукты, одежду, холсты и др. Иоаннитские общины сохранили централизованную структуру во главе с перешедшим на нелегальное положение В.Ф. Пустошкиным. Движение иоаннитов по-прежнему было внутренне неоднородным. Встречались общины крайне сектантского, маргинального характера. Так, в начале 1920 гг. в Вотской автономной области (ныне Удмуртия), где были живы двоеверие и традиции язычества, общину организовал крестьянин Пётр Батуев, примкнувший к иоаннитам ещё в 1907 г. После посещения Кронштадта, где П. Батуев слушал проповеди Иоанна Кронштадтского, он оставил хозяйство и семью, отказался от прежнего образа жизни, стал очень религиозным и начал ходить по деревням с проповедью евангельских норм жизни, учил о приближении Страшного Суда; в народе его почитали как святого подвижника. После 1917 г. П. Батуев говорил о наступлении конца мира и пришествии антихриста в лице новой власти. Во время голода 1921–1922 гг. назвал себя «Христом» и заявил, что желающие спасения должны продавать своё имущество и следовать за ним, т.к. только у него находятся «ключи Царства Небесного». Вокруг иоаннитов образовалась постоянная община в 30–40 человек, главным образом, молодых женщин; некоторых П. Батуев провозглашал «богородицами». Их наречение происходило по особому чину: на избранницу навешивали две иконы, в том числе Иоанна Кронштадтского, и давали в руки младенца. Сектанты не признавали благодатности церкви и православного духовенства. Разработали свои «таинства»: совершали приём в секту через «крещение»; ежедневно из рук П. Батуева «причащались» «святой водой от Иоанна» или имитировали причастие, используя сладкую воду с добавлением ягодного сока; требовали открытую исповедь; брак и брачную жизнь отрицали. Жившие изолированной общиной сектанты учили о наступлении конца мира после каждого Нового года, не смущаясь провала предыдущего пророчества, отказывались от регистрации, от всех государственных и общественных повинностей, от участия в переписи населения.