Епископ Андрей поддержал мнение, что иоаннитское движение является внутренне неоднородным, и иоаннитов необходимо подразделить на три группы: 1) наглых мошенников и шарлатанов, пользующихся именем Иоанна для корыстных целей, с которыми ничего не может сделать Иоанн Кронштадтский и которые тяготят его; 2) людей, в которых есть зародыш сектантства; они искренне убеждены в истине тех нелепостей, которые проповедуются иоаннитами первого вида, и 3) православных почитателей Иоанна, к которым относится большая часть иоаннитов. В отношении происхождения вероучения большинство делегатов съезда выразили мнение, что иоанниты – это типичные хлысты. Однако профессор Казанской духовной академии и видный миссионер Николай Иванович Ивановский отметил несоответствия в культах иоаннитов и хлыстов. Его точку зрения поддержал и известный сектовед херсонский миссионер Михаил Александрович Кальнев, который заявил: «Я думаю, что это совершенно самостоятельная секта, родившаяся не на почве хлыстовства, даже не под влиянием его, а как обыкновенная мистическая секта. Иоанниты – это секта, появившаяся совершенно самостоятельно, появившаяся под влиянием недовольства всем окружающим. Личность Иоанна Кронштадтского явилась здесь совершенно случайно». Несмотря на полярность высказанных оценок, миссионерский съезд большинством голосов принял резолюцию о том, что «иоаннитство есть секта, родственная с хлыстовством», и предложил методы борьбы с ним. По обсуждении решений съезда Святейший Синод определением от 4–11 декабря 1908 г. постановил: «1) учение так называемых «иоаннитов», признающих о. Иоанна Сергиева Богом, считать учением еретическим, кощунственным и богохульным, сродным с хлыстовством; 2) ввиду неоднократного осуждения самим о. Иоанном учения «иоаннитов», предположенное Киевским миссионерским съездом предложение о. Иоанну произнести слово обличения иоаннитов – признать излишним; 3) поручить Санкт-Петербургскому духовному цензурному комитету следить за изданиями «Кронштадтского маяка»; 4) поручить духовенству с особенною осторожностью относиться к лицам, подозреваемым в принадлежности к иоаннитам, при совершении над ними таинств, требуя от них отречения от главных заблуждений иоаннитов; 5) поручить духовенству предостеречь лиц, отправляющихся в Кронштадт, от возможности различных злоупотреблений со стороны вожаков иоаннитов; 6) лиц, упорных в иоаннитстве, после увещаний подвергать отлучению от православной Церкви». В ответ на критику на Киевском миссионерском съезде руководители иоаннитов в том же году выпустили в свою защиту ряд брошюр: «Истинное Православие на миссионерском съезде в Киеве», «IV Всероссийский миссионерский съезд и современные ревнители православия (письма)», «Суд иоаннитов», «Ещё днём закатилось солнце» и др. В этих изданиях говорилось, что иоанниты – «истинные православные христиане, свято чтущие и оберегающие заветы святой православной Церкви». Утверждалось, что иоанниты не исповедуют Иоанна Кронштадтского Богом, а лишь используют образные выражения для передачи высшей степени почтения к о. Иоанну, которого они почитают как святого.