Наконец, в декабре 1907 г. на запрос об иоаннитах съезда духовенства одного из благочиннических округов Вятской епархии Иоанн Кронштадтский ответил следующее: «Имею честь немедленно ответить достопочтенному съезду моей возлюбленной о Христе братии, что я не имею никакой солидарности или общения с теми проходимцами, которые появились среди ваших пасомых и, злоупотребляя моим именем, учат народ тому, чему я не учил их, и обирают от моего имени народ православный. Говорю это по священнической моей совести и прошу поступать по закону с этими пройдохами, смущающими народную совесть и разоряющими бедных поселян». Распространение иоаннитского движения заставило вынести вопрос о его оценке на обсуждение четвёртого Всероссийского миссионерского съезда, состоявшегося в июле 1908 г. в Киеве. Вопрос вызвал серьёзную дискуссию как по поводу определения иоаннитов (неправославная секта или религиозно-практическое направление в православии), так и по поводу происхождения иоаннитства и его идейной связи с хлыстовством. Часть делегатов (секретарь Владикавказской консистории, бывший санкт-петербургский миссионер Николай Булгаков, ставропольский епархиальный миссионер протоиерей С. Никольский, уездный миссионер Херсонской епархии Ф. Кирика и др.) высказалась за безусловное осуждение съездом иоаннитов как «во всех отношениях тёмной, безнравственной секты», подобной хлыстовству, распространяющей еретическое учение. Другая часть делегатов (киевский епархиальный миссионер священник С. Потехин, пермский епархиальный миссионер А.Г. Кулешов, протоиерей Ливанский из Орла) считала, что у иоаннитов ещё не сформировалось ни отдельного вероучения, ни культа. По их мнению, настойчивая работа пастырей с членами иоаннитских общин могла бы направить их энергию в церковное русло, тогда как осуждение иоаннитов как еретиков может оттолкнуть от церкви множество искренне религиозных людей. Как считал санкт-петербургский епархиальный миссионер-проповедник Дмитрий Иванович Боголюбов, «пока нет оснований за недостатком фактов считать это направление сектантским». Иоаннитство, по словам Л.И. Боголюбова, возникло «как протест против безбожия и вообще современного упадка религиозных и нравственных устоев жизни... религиозно-нравственное искание высшей правды». Оно заслуживает особого внимания со стороны государства и церкви, а отнюдь не осуждения и нуждается во врачевании, в руководительстве. По мнению Д.И. Боголюбова, хотя среди иоаннитов много шарлатанов, мошенников с грубо корыстными целями, в целом это движение не опасно для церкви. По его мнению, «осудив это направление как ересь и оттолкнув многочисленных иоаннитов от Церкви..., мы можем толкнуть пока только подозрительных по своим верованиям людей действительно в опасную ересь, в сектантство, вредное для Церкви по своему сильному религиозному воодушевлению и энергии». Подобной точки зрения придерживался и Мамадышский епископ Андрей (Ухтомский): «Это движение совершенно неустановившееся, но – громадной нравственной силы и громадного воодушевления. Если мы на самом деле его назовём сектантством, то оно действительно может вылиться в форму сильнейшего сектантства. Если же отнестись к нему со вниманием, то вся эта сила громадного воодушевления перейдёт на нашу сторону, и все эти книгоноши будут книгоношами православной Церкви».