Ещё в январе 1897 г. Иоанн Кронштадтский написал объяснение в связи с первым официальным расследованием деятельности иоаннитов. Он, в частности, сообщил, что до него доходили слухи о высказываниях В.Ф. Пустошкина, которого он «строго обличил в его изуверстве». По словам Иоанна, В.Ф. Пустошкин «совершенно отрицал взводимые на него доносы и поборы, как и известный, отличающийся милостынею и постом Назарий, крестьянин Новгородской губернии, и бывшая близкой к нему девица Порфирия, и заверяли меня клятвенно, что никогда им и в голову не приходило считать меня за Христа, а что живёт во мне Христос, – это, говорят, мы утверждали, потому что дела, тобой (говорили мне) делаемые, свидетельствуют о присущем тебе Христе… Свидетельствуюсь Богом и священническою своею совестью, что я старался обличать всегда и всякие ходячие бредни религиозного характера». Узнав об иоаннитской общине, созданной Пономарёвым в Костромской губернии, Иоанн Кронштадтский 22 мая 1902 г. послал ему письменное обличение. В октябре того же года по поручению Святейшего Синода Иоанн совершил поездку в Солигаличский уезд для вразумления местных иоаннитов, заставив Пономарёва в своём присутствии в храме при народе покаяться и отречься от ереси. Однако впоследствии Пономарёв продолжал свою проповедь. Иоанн Кронштадтский был вынужден постоянно давать публичные объяснения по поводу иоаннитов, действовавших от его имени и якобы по его благословению. Так, в начале 1907 г. протопресвитер военного и морского духовенства известил Иоанна о книгоношах, которые, торгуя в некоторых воинских частях его портретами, книгами, крестиками и проч., уверяли нижних чинов, что эти вещи освящены Иоанном, и убеждали помещать портреты на стенах казармы вместе с иконами; причём за эти предметы книгоноши брали двойную плату. В связи с этим Иоанн Кронштадтский заявил в печати, что «никогда не благословлял упомянутых вещей и своих портретов для распространения в войсках и народе или для помещения их на стенах между иконами. При виде портретов моих в неуказанных местах я немедленно приказываю убирать, нередко сам убирал или разрывал их, чтобы они не служили предметом суеверного, несправедливого и вредного почитания. Множество моих маленьких портретов сделано досужими торгашами также без моего благословения и согласия с целью наживы». Осенью 1907 г. Иоанн Кронштадтский сделал в печати следующее заявление: «Многие женщины и девицы под видом и кличкой богомолок странствуют по разным городам и сёлам России с веночками из цветов и утверждают, будто бы они посланы из санкт-петербургского женского Ивановского монастыря или от меня для продажи их. Это чистая ложь. Никогда ни я, ни игуменья не посылали ни одной послушницы для сбора или для продажи каких-либо венков. Богомолки эти имеют свои притоны в Санкт-Петербурге и Ораниенбауме. Полиции, я полагаю, известны эти притоны, и ей предстоит добраться до них, так как эти шатающиеся женщины и девушки многих простодушных вводят в обман и своими проступками, иногда очень неблаговидными, кладут пятно на мою обитель Ивановскую и на меня».