Инкриминируемые им еретические правила их обыденной жизни состоят в исполнении строгих аскетических христианских норм, они «отрешились от плотской временной жизни с её греховными наслаждениями и, следуя примеру истинных учеников Христовых, сплотились в братские общины, чтобы, являя собою один другому образец благочестия и подвижничества в общей непрестанной молитве и трудах, унаследовать жизнь вечную». Ответственность за клевету на них иоанниты возлагали, в первую очередь, на либеральную печать, а также на толстовцев и «батюшек-прогрессистов». Острая дискуссия об иоаннитстве продолжилась после Киевского съезда и в церковной среде. Посетивший Кронштадтскую иоаннитскую общину Саратовский и Царицынский епископ Гермоген (Долганёв) утверждал в печати, что иоаннитства как секты в России нет, а этим именем прикрываются люди строго православного благочестия. В защиту иоаннитов выступил и бывший синодальный миссионер, игумен Арсений (Алексеев). Решительным противником признания иоаннитов сектой оставался санкт-петербургский миссионер Д.И. Боголюбов, который написал брошюру «О так называемых иоаннитах в русском народе», изданную в 1909 г. В.Ф. Пустошкиным. В отношении иоаннитов к личности Иоанна Д.И. Боголюбов видел аллегорическое понимание его образа, выражавшееся в своеобразных высказываниях нееретического характера: иоанниты «делают это не в субстанциональном, а в благодатном смысле». Д.И. Боголюбов утверждал, что иоаннитства как новой, отложившейся от православия религиозной секты с особым вероучением и культом нет: «Если этому воодушевлению придать больше осмысленности, если его очистить от некоторых суеверных наслоений, в «иоаннитстве» Церковь православная найдёт не врага себе, а союзника и пламенного поборника за все наши исторические христианские святыни». Позиция Д.И. Боголюбова в отношении иоаннитов поддерживалась в издании Синода «Церковные ведомости», с которыми полемизировали «Церковный вестник» (издание Санкт-Петербургской духовной академии) и «Миссионерское обозрение». По утверждению редакции «Церковных ведомостей», среди иоаннитов следовало выделять строго православных почитателей Иоанна Кронштадтского, «православных, еретичествующих по своему духовному невежеству» и, наконец, «мошенников, использующих религиозное прикрытие для обирания людей». В целом же, по мнению редакции «Церковных ведомостей», иоаннитство представляет собой «неупорядоченное и своеобразное течение в православно-народной массе, которое стремилось возвратить современную церковно-общественную жизнь к аскетически-святоотеческим началам». 4 ноября 1909 г. 27 наиболее видных руководителей иоаннитов, в том числе Н.И. Большаков, М. Уткин, В.Ф. Пустошкин, обратились к Санкт-Петербургскому митрополиту Антонию (Вадковскому) с прошением, в котором они отрицали свою принадлежность к какой-либо секте и назвали подозрения их в хлыстовстве несправедливыми и жестокими. Руководители иоаннитов указывали, что они почитают Иоанна Кронштадтского угодником Божьим и светочем православия, но не считают его Христом; что для спасения души стараются проводить жизнь в молитвах в храмах и в домах, при этом не признают никаких, на хлыстовский лад, ни «христов», ни «богородиц», ни «пророков» и «апостолов»; не признают спасительными никаких таинств, кроме таинств православно-церковных.