Обновленческий Ташкентский «епископ» Николай Коблов доносил в 1924 г. в НКВД, что вокруг запрещённого обновленцами в священнослужении «тихоновского» иеромонаха Мелхиседека (Аверченко; впоследствии епископ) «группируются иоаннитки, считавшие ранее антихристом Льва Толстого, а теперь Ленина и Троцкого и Власть Советскую вообще антихристовой... Всё это сообщество пропагандирует тихоновщину, волнуя народ и поддерживая в нём недовольство законной как церковной, так и Советской властью». В отчёте Башкирского обкома ВКП(б) за 1925 г. также отмечалось, что «сильная и богатая» Уфимская община иоаннитов, состоящая примерно из 100 членов, «весьма враждебно относится к обновленчеству». Как «крайние церковные монархисты-фанатики» иоанниты проходили по агентурной разработке шестого отделения Секретного отдела ОГПУ, о чём свидетельствует «Список агентурных разработок», составленный Евгением Александровичем Тучковым в марте 1925 г. К 1925 г. относятся и первые аресты членов иоаннитских общин. Выход «Декларации» 1927 г. Заместителя Местоблюстителя Патриаршего престола митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) привёл к разделению внутри иоаннитского движения. Часть иоаннитов стремилась к легальному существованию и поддерживала «Декларацию». О принадлежности к «ориентации митрополита Сергия» заявил и В.Ф. Пустошкин, который в 1929 г. принял монашеский постриг с именем Досифей и был возведён в сан архимандрита. Его признавали руководителем несколько тысяч иоаннитов по всей стране. Другая часть иоаннитов сблизилась с последователями митрополита Иосифа (Петровых), в которых их привлекал отказ от любых форм соглашательства с советской властью. Иоанниты с накопленным опытом нелегальной религиозной деятельности в дальнейшем сыграли видную роль в катакомбном движении. В 1930 г., во время следствия по делу руководителей иосифлян Гдовского епископа Димитрия (Любимова) и Копорского епископа Сергия (Дружинина), органы безопасности обратили особое внимание на «вовлечение в организацию истинно-православных иоаннитов». В качестве «руководителя разветвлённой сети иоаннитских группировок» был привлечён настоятель кронштадтского Андреевского собора протоиерей Николай Симо (ум. в 1931 г.), от которого на следствии настойчиво требовали показаний о местонахождении В.Ф. Пустошкина. Протоиерей Николай Симо отрицал на допросах контакты с В.Ф. Пустошкиным, как и свою принадлежность к иоаннитам или к иосифлянам. Связь с иоаннитской общиной Ораниенбаума протоиерей Николай Симо объяснял материальной поддержкой, которую та оказывала кронштадтскому Андреевскому собору. Иоанниты были активными участниками иосифлянского движения на Украине. Наибольшее число иоаннитских групп действовало до 1917 г. в Подольской губернии. После революции они признали власть патриарха Тихона, но после 1925 г. уже, как правило, не посещали православные храмы. В селе Паланка (ныне село Заозёрное Винницкой области) существовал иоаннитский скит под руководством Георгия Никитича Никитина. В скиту постоянно жили 40 человек, оттуда посылались проповедники.